PDB-3toz: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Shikimate 5-dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3toz

タイトル

2.2 Angstrom Crystal Structure of Shikimate 5-dehydrogenase from Listeria monocytogenes in Complex with NAD.

要素

Shikimate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NAD(P)-binding Rossmann-fold domain / Shikimate 5-dehydrogenase / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Minasov, G. / Light, S.H. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Shikimate 5-dehydrogenase from Listeria monocytogenes in Complex with NAD.
著者: Minasov, G. / Light, S.H. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3toz.ent.gz	796.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3toz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3toz_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3toz_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3toz_validation.xml.gz	95 KB	表示
CIF形式データ	3toz_validation.cif.gz	129.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3toz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3toz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1npdS 3tnl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tnl-1 4k28-3 3tnl-2 1npd-d 1nvt-d 3jyp-1 2l5x-d 3fbt-2 3jyq-1 4fkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp91169

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Shikimate dehydrogenase

B: Shikimate dehydrogenase

C: Shikimate dehydrogenase

D: Shikimate dehydrogenase

E: Shikimate dehydrogenase

F: Shikimate dehydrogenase

G: Shikimate dehydrogenase

H: Shikimate dehydrogenase

ヘテロ分子

286 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Shikimate dehydrogenase

B: Shikimate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Shikimate dehydrogenase

D: Shikimate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Shikimate dehydrogenase

F: Shikimate dehydrogenase

ヘテロ分子

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71.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Shikimate dehydrogenase

H: Shikimate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.130, 78.434, 214.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Chain A and B, C and D, E and F, G and H represent Biological Assembly, dimer.

#1: タンパク質	Shikimate dehydrogenase 分子量: 34944.953 Da / 分子数: 8 / 断片: Shikimate 5-dehydrogenase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: aroE, lmo0490 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8Y9N5, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.5mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M TRIS-HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (F8), 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG R3350., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月14日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 117864 / Num. obs: 117864 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 37 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5755 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1NPD

1npd

解像度: 2.2→29.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 17.282 / SU ML: 0.198
Isotropic thermal model: Atomic Thermal Factors Individually Refined.
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25584	5836	5 %	RANDOM
R_work	0.19547	-	-	-
all	0.19855	110577	-	-
obs	0.19855	110577	98.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.3 Å²	0 Å²	-2.45 Å²
2-	-	4.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17938	0	396	1010	19344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	18937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.99	25700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	30944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.274	5	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.159	25.209	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.635	15	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.626	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	20821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.97	1.5	11617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.297	1.5	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.634	2	18757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.951	3	7320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.281	4.5	6943

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	383	-
R_work	0.261	8015	-
obs	-	8015	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1138	0.0584	0.1525	0.5639	0.0218	2.3149	0.0216	0.3754	0.2014	0.0986	0.0009	-0.1163	-0.0047	-0.0341	-0.0225	0.1397	0.0308	-0.0249	0.1388	0.0507	0.2208	5.8276	-0.9782	73.0379
2	3.7585	0.2981	-2.317	3.0446	-0.5343	2.459	-0.0292	0.7342	-0.1991	-0.1582	0.013	-0.0325	0.3475	0.073	0.0161	0.1945	0.0835	-0.0296	0.5116	-0.0396	0.141	14.493	-6.8896	48.9604
3	3.3201	-0.09	-0.6647	0.6429	0.3282	1.8077	0.2373	0.4238	0.4977	-0.0495	0.0523	-0.1696	-0.235	0.0679	-0.2896	0.1479	0.0182	0.0171	0.0977	0.1039	0.3021	13.3218	9.7093	60.1187
4	1.4145	-0.229	-0.1192	0.6607	0.233	1.8207	-0.0436	-0.3615	0.1885	-0.0223	0.0688	0.0263	-0.025	-0.109	-0.0252	0.0357	0.0226	-0.028	0.1076	-0.0493	0.092	9.7999	-1.396	105.5911
5	4.7052	-0.4532	-0.5518	2.2109	0.8276	2.9979	0.0339	-0.9967	-0.2676	0.0906	-0.0989	0.0146	0.5151	0.1765	0.0651	0.1387	0.1214	-0.0133	0.5161	0.0156	0.0226	2.7982	-5.8747	128.7337
6	3.0284	0.1655	-1.5285	0.4934	0.3836	2.9027	0.0833	-0.5186	0.4571	-0.0451	-0.0309	0.0264	-0.2619	-0.0884	-0.0524	0.1265	0.0767	-0.049	0.1902	-0.1435	0.2008	3.3934	10.0458	117.3326
7	2.1147	-0.0608	-0.4035	0.7096	-0.3541	4.4704	0.1177	-0.4673	0.071	-0.1524	-0.0245	-0.1755	-0.0093	-0.0425	-0.0932	0.2134	-0.0202	-0.009	0.1116	0.0156	0.3282	24.2125	-34.3697	85.4067
8	3.635	-0.0173	0.2716	1.7055	-0.6395	1.1767	0.0669	-1.0156	0.1247	0.0753	-0.0346	-0.0204	-0.0464	-0.2036	-0.0324	0.0291	-0.048	-0.0103	0.3475	-0.0104	0.0143	30.8651	-37.7393	110.6278
9	7.2227	1.7078	0.8796	0.6666	-0.1585	8.5282	0.2176	-0.1359	-0.7579	-0.0502	0.0214	-0.2488	1.0302	-0.6235	-0.239	0.3094	-0.0648	-0.0325	0.0511	0.0103	0.2499	20.9189	-45.6581	89.0894
10	2.0686	0.4231	-0.7033	0.5209	0.2473	2.9456	0.1047	0.6478	0.1034	0.0371	0.0389	0.0443	-0.052	0.0416	-0.1436	0.1458	0.0423	0.0081	0.281	0.046	0.2325	30.805	-33.8209	57.5219
11	5.1716	0.0032	1.3658	1.5138	0.2233	2.1453	-0.1482	2.0073	0.6253	-0.2917	0.0771	0.0261	-0.3258	0.6188	0.0711	0.1787	-0.0555	-0.0272	1.0618	0.2484	0.1276	23.318	-31.3672	32.1457
12	4.3511	0.3096	2.7553	1.1384	0.1837	2.7351	0.2349	0.9396	-0.5598	0.0259	0.0627	-0.0675	0.3929	0.4578	-0.2976	0.1338	0.089	-0.014	0.3797	-0.1285	0.1068	26.8151	-45.5421	46.2464
13	0.7337	0.202	0.3823	0.5385	-0.0183	2.3131	0.0409	-0.1646	0.0347	-0.0097	0.0379	0.0283	-0.1073	-0.2785	-0.0788	0.0774	0.0334	0.0257	0.0838	0.0113	0.1403	-26.8183	6.9996	55.2836
14	1.3871	0.2083	-0.1095	1.5849	-0.0238	0.1163	0.0778	-0.5088	-0.0693	0.1116	-0.0294	-0.0938	0.0968	0.0659	-0.0485	0.1246	-0.0032	-0.0303	0.2137	0.033	0.1349	-18.655	-5.4224	72.5729
15	6.3897	-3.7665	4.1683	2.3388	-2.1453	5.572	0.3747	0.1849	-0.5006	-0.0271	-0.2168	0.2761	0.6748	-0.3744	-0.1579	0.3631	-0.1108	-0.0156	0.2247	0.0543	0.1803	-31.5692	-5.7005	50.1431
16	0.8168	0.0892	0.4917	0.2477	0.0639	2.499	0.015	0.2091	-0.1143	-0.0159	0.0789	0.0333	0.0758	-0.0466	-0.0939	0.1037	0.0297	0.0167	0.0937	0.001	0.1386	-23.5901	9.2824	17.319
17	2.3276	0.2303	0.6008	1.5792	-0.1691	1.6733	-0.0123	0.1173	-0.0921	-0.1726	0.0967	0.0704	0.0532	0.0744	-0.0844	0.0535	0.0078	0.0056	0.0886	-0.0371	0.0478	-32.6501	6.1376	-2.4701
18	4.2244	0.1129	-1.5884	5.5559	-1.6073	1.3821	-0.0293	-0.1248	-0.4854	-0.3731	-0.096	-0.5466	0.2286	-0.1881	0.1253	0.3958	0.0611	-0.0767	0.4262	-0.0021	0.3788	-19.1515	-3.453	17.6716
19	1.9575	0.2632	-0.0556	0.6192	0.0574	2.1253	0.0069	-0.4697	-0.0335	0.0264	0.0764	0.1036	0.0302	0.1494	-0.0834	0.0761	0.0413	-0.0242	0.1691	0.015	0.0856	-5.0605	-36.5045	36.1063
20	3.1421	0.6232	-1.3272	4.3252	-0.2708	4.261	-0.1368	-1.3024	-0.4244	0.139	0.0838	0.061	0.588	0.4796	0.0529	0.2008	0.1098	-0.0497	0.7244	0.1847	0.0972	-7.4338	-42.802	61.473
21	3.2487	-0.2476	-2.1324	0.4812	0.1064	2.8118	0.1839	-0.6145	0.3549	0.0091	0.068	0.0875	-0.2908	0.3713	-0.2519	0.1039	-0.011	0.0044	0.2507	-0.0838	0.1285	-11.0442	-26.2592	49.1435
22	0.6926	-0.1106	0.2005	1.0716	-0.0745	2.4981	-0.0297	0.0401	0.0294	-0.0556	0.145	-0.0919	0.0495	-0.0321	-0.1153	0.0452	-0.007	-0.033	0.0271	-0.0019	0.0993	-10.5802	-36.1025	9.5282
23	2.3224	0.5951	-0.0014	0.7773	-0.2065	2.5451	0.05	0.3083	-0.1169	-0.0839	0.039	-0.018	0.1264	-0.1045	-0.089	0.0816	-0.0012	-0.021	0.0515	-0.0022	0.0771	-5.7029	-32.7748	-18.667
24	3.6884	-0.4973	0.9628	2.9385	-1.102	4.6034	-0.0875	-0.0318	0.3581	0.0179	0.0465	-0.0001	-0.4931	-0.0225	0.041	0.0912	-0.0031	-0.0481	0.0506	0.0304	0.1167	-14.9802	-24.3178	2.9179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	160 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	210 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	166 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	214 - 291
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	5 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	133 - 262
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	263 - 291
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 153
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	154 - 232
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	233 - 291
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	3 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	193 - 267
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	268 - 291
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	5 - 166
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	167 - 268
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	269 - 291
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 168
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	169 - 205
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	206 - 291
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	1 - 119
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	120 - 265
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	266 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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