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- PDB-3tos: Crystal Structure of CalS11, Calicheamicin Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tos
タイトルCrystal Structure of CalS11, Calicheamicin Methyltransferase
要素CalS11
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / Calicheamicin / CalS11 / Structural genomics / Protein Structure Initiative / PSI / NatPro / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Macrocin-O-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / CalS11
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Chang, A. / Aceti, D.J. / Beebe, E.T. / Makino, S.-I. / Wrobel, R.L. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of CalS11, Calicheamicin methyltransferase
著者: Chang, A. / Aceti, D.J. / Beebe, E.T. / Makino, S.-I. / Wrobel, R.L. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2011年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CalS11
B: CalS11
C: CalS11
D: CalS11
E: CalS11
F: CalS11
G: CalS11
H: CalS11
I: CalS11
J: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,41955
ポリマ－290,94310
非ポリマー6,47645
水93,7145202
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60790 Å2
ΔGint-442 kcal/mol
Surface area73580 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15620 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area50960 Å2
手法PISA
3
A: CalS11
C: CalS11
D: CalS11
E: CalS11
F: CalS11
H: CalS11
I: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,22539
ポリマ－203,6607
非ポリマー4,56432
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16000 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area51790 Å2
手法PISA
5
A: CalS11
B: CalS11
C: CalS11
E: CalS11
H: CalS11
I: CalS11
J: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,16338
ポリマ－203,6607
非ポリマー4,50231
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
6
B: CalS11
D: CalS11
E: CalS11
F: CalS11
G: CalS11
I: CalS11
J: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,22539
ポリマ－203,6607
非ポリマー4,56432
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
7
B: CalS11
D: CalS11
F: CalS11
G: CalS11
H: CalS11
J: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,45233
ポリマ－174,5666
非ポリマー3,88627
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
8
B: CalS11
C: CalS11
D: CalS11
E: CalS11
F: CalS11
G: CalS11
H: CalS11
J: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,93544
ポリマ－232,7548
非ポリマー5,18136
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.321, 106.080, 106.330
Angle α, β, γ (deg.)68.69, 69.63, 88.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a dimer.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
CalS11


分子量: 29094.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Wheat Germ
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: calS11 / プラスミド: pET-His-Flexi / 発現宿主: Cell-Free Synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q8KNF1

-
非ポリマー , 5種, 5247分子

#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Solution (16 mg/ml CalS11 protein, 0.0003M TCEP, 0.05M NaCl, 0.005M HEPES pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution(17.6% MEPEG5K, 160mM K-Glutamate, 100mM BisTris pH 6.5) ...詳細: Protein Solution (16 mg/ml CalS11 protein, 0.0003M TCEP, 0.05M NaCl, 0.005M HEPES pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution(17.6% MEPEG5K, 160mM K-Glutamate, 100mM BisTris pH 6.5)Cryoprotected with 20% Ethylene Glycol, 17.6% MEPEG5K, 160mM KGlutamate, 100mM BisTris pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月26日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 417415 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.583.80.297194.6
1.58-1.613.80.268195
1.61-1.643.90.246195.3
1.64-1.673.90.22195.4
1.67-1.713.90.202195.6
1.71-1.753.90.181195.8
1.75-1.793.90.165196
1.79-1.843.90.146196.2
1.84-1.893.90.136196.4
1.89-1.953.90.124196.6
1.95-2.023.90.11196.8
2.02-2.13.90.099197
2.1-2.23.90.093197.3
2.2-2.323.90.089197.5
2.32-2.463.90.081197.8
2.46-2.653.90.078198
2.65-2.923.90.072198.4
2.92-3.343.90.062198.7
3.34-4.213.90.055199
4.21-503.80.057199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→43.101 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 1875 0.46 %
Rwork0.1464 --
obs0.1466 412070 95.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.636 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5644 Å2-1.338 Å20.1675 Å2
2---4.0925 Å2-2.0628 Å2
3---1.528 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→43.101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20100 0 430 5202 25732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01922366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.71630611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.368537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1193294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5497-1.59160.25141290.166130142X-RAY DIFFRACTION91
1.5916-1.63840.23481460.153630534X-RAY DIFFRACTION92
1.6384-1.69130.2211330.144830739X-RAY DIFFRACTION93
1.6913-1.75180.21091520.141330979X-RAY DIFFRACTION94
1.7518-1.82190.17271390.137431255X-RAY DIFFRACTION95
1.8219-1.90480.2081500.138431439X-RAY DIFFRACTION95
1.9048-2.00520.16131370.141231633X-RAY DIFFRACTION96
2.0052-2.13090.16551430.141531752X-RAY DIFFRACTION96
2.1309-2.29540.16581550.143131972X-RAY DIFFRACTION97
2.2954-2.52640.16551410.142632196X-RAY DIFFRACTION97
2.5264-2.89190.19181540.152232299X-RAY DIFFRACTION98
2.8919-3.64320.14861310.142832570X-RAY DIFFRACTION99
3.6432-43.1180.14781650.154432685X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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