+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3to5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High resolution structure of CheY3 from Vibrio cholerae | ||||||
要素 | CheY homolog | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / alpha(5)beta(5) / Chemotaxis / FliM / Phosphorylation / Motor action | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / phosphorelay signal transduction system / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Dasgupta, J. / Sen, U. / Biswas, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Conformational Barrier of CheY3 and Inability of CheY4 to Bind FliM Control the Flagellar Motor Action in Vibrio cholerae 著者: Biswas, M. / Dey, S. / Khamrui, S. / Sen, U. / Dasgupta, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3to5.cif.gz | 43 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3to5.ent.gz | 28 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3to5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3to5_validation.pdf.gz | 427 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3to5_full_validation.pdf.gz | 427.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3to5_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3to5_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3to5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3to5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15180.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: cheY3, VC_2065 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q9KQD5, UniProt: Q6BBK8*PLUS |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月10日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 15742 / Num. obs: 14876 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / % possible all: 91.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CHE 解像度: 1.65→23.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1223213.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.4456 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→23.26 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|