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万見
- PDB-3tnx: Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tnx
タイトルStructure of the precursor of a thermostable variant of papain at 2.6 Angstroem resolution
要素Papain
キーワードHYDROLASE / Cytoplasm for recombinant expression
機能・相同性
機能・相同性情報


papain / serpin family protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Roy, S. / Choudhury, D. / Dattagupta, J.K. / Biswas, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structure of a thermostable mutant of pro-papain reveals its activation mechanism
著者: Roy, S. / Choudhury, D. / Aich, P. / Dattagupta, J.K. / Biswas, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the precursor protein of a thermostable variant of papain
著者: Roy, S. / Choudhury, D. / Chakrabarti, C. / Biswas, S. / Dattagupta, J.K.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain
C: Papain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1713
ポリマ－82,1352
非ポリマー351
水2,396133
1
A: Papain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1032
ポリマ－41,0681
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Papain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0681
ポリマ－41,0681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.925, 74.775, 116.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Papain / Papaya proteinase I / PPI


分子量: 41067.570 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-345 / 変異: C132A, V139S, G143S, K281R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / プラスミド: pET30 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8.0% PEG 3350, 0.1M Na-acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 22356 / Num. obs: 21658 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PXデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1pci

1pci


解像度: 2.62→45.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 27.261 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23592 1110 5.1 %RANDOM
Rwork0.18296 ---
all0.1858 20562 --
obs0.1858 20562 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20.15 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→45.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4945 0 1 133 5079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.9366878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1575618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60724.241257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.60115823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.041530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7411.53058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46424903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30632013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8334.51975
LS精密化 シェル解像度: 2.615→2.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 64 -
Rwork0.286 1421 -
obs--87.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34460.3189-0.4323.00610.39695.10550.0805-0.0865-0.05340.063-0.09410.12610.00590.27190.01370.132200.05380.4267-0.03640.1086-2.572-4.35312.822
22.80670.6143-0.27092.4551-0.23871.2169-0.00010.20850.0765-0.09580.0034-0.0424-0.00410.0146-0.00330.03340.0269-0.01720.34060.01150.0338.092.013-2.784
35.46210.5089-2.65961.9239-0.71425.699-0.0161-0.2766-0.1613-0.1344-0.07480.29860.1990.14480.0910.39370.05060.00620.6548-0.05490.112832.072-9.465-69.541
42.39960.0277-0.03726.5192-2.43713.48880.1441-0.3043-0.05660.7377-0.17960.0573-0.23640.01560.03550.3149-0.06660.06180.6703-0.0140.130328.372-15.949-50.541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 84
2X-RAY DIFFRACTION1A85 - 107
3X-RAY DIFFRACTION2A108 - 319
4X-RAY DIFFRACTION3C10 - 84
5X-RAY DIFFRACTION3C85 - 107
6X-RAY DIFFRACTION4C108 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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