PDB-3tne: The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tne

タイトル

The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with the HIV protease inhibitor ritonavir

要素

Secreted aspartic protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aspartic Acid Endopeptidases / Catalytic Domain / Ritonavir / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

candidapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida parapsilosis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Pachl, P. / Pichova, I. / Rezacova, P.

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with the HIV protease inhibitor ritonavir.
著者: Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Pachl, P. / Pichova, I. / Rezacova, P.

履歴

登録	2011年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tne.cif.gz	256.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tne.ent.gz	218.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tne_validation.pdf.gz	953.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tne_full_validation.pdf.gz	972.3 KB	表示
XML形式データ	3tne_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	3tne_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fv3
類似構造データ	3fv3-4 7agb-2 7agc-4 2oib-4 7age-1 6s8a-d 4ybf-d 4ijg-d 4at4-d 3ug2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Secreted aspartic protease

B: Secreted aspartic protease

ヘテロ分子

73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secreted aspartic protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Secreted aspartic protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.870, 61.610, 157.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 339
2	1	1	4	B	1 - 339
1	1	2	4	A	401
2	1	2	4	B	401

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Secreted aspartic protease 分子量: 35865.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-401 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida parapsilosis (酵母) 参照: UniProt: B8YPM3, UniProt: P32951*PLUS, candidapepsin
#2: 化合物	ChemComp-RIT / RITONAVIR / A-84538 / リトナビルタイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 720.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₈N₆O₅S₂ / 参照: RITONAVIR / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100-fold molar inhibitor excess, Cpr=20mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir; reservoir: 0.1M MES pH 6.5, 30% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.4→42.055 Å / Num. all: 22587 / Num. obs: 22587 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.46	4.9	0.388	2	0.388	1	99.9
2.46-2.53	4.9	0.323	2.4	0.323	1	100
2.53-2.6	4.9	0.284	2.7	0.284	1	100
2.6-2.68	4.9	0.274	2.7	0.274	1	60.9
2.68-2.77	4.9	0.223	3.4	0.223	1	92.5
2.77-2.87	4.9	0.179	4.1	0.179	1	100
2.87-2.98	4.9	0.158	4.6	0.158	1	100
2.98-3.1	4.9	0.137	5.4	0.137	1	100
3.1-3.24	4.9	0.124	5.7	0.124	1	100
3.24-3.39	4.9	0.118	5.9	0.118	1	100
3.39-3.58	5	0.104	6.4	0.104	1	71.4
3.58-3.79	4.9	0.096	7.2	0.096	1	70.5
3.79-4.06	4.9	0.091	7.4	0.091	1	69.9
4.06-4.38	4.8	0.08	8.4	0.08	1	100
4.38-4.8	4.8	0.073	9.1	0.073	1	100
4.8-5.37	4.8	0.07	8.8	0.07	1	100
5.37-6.2	4.8	0.073	8.5	0.073	1	100
6.2-7.59	4.7	0.066	9.1	0.066	1	100
7.59-10.73	4.5	0.061	9	0.061	1	100
10.73-43.628	4	0.056	10.1	0.056	1	97.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	42.08 Å
Translation	4 Å	42.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→42.055 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 33.293 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31673	1131	5.2 %	RANDOM
R_work	0.25363	-	-	-
obs	0.25697	20570	88.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.055 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5051	0	100	3	5154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.687	1.964	7146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.022	3	8132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.378	5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.411	25.833	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.418	15	796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.945	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.788	1.5	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.138	1.5	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.412	2	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.623	3	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.639	4.5	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	4146	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1	4146	MEDIUM THERMAL	1.1	2
2	82	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
2	82	MEDIUM THERMAL	0.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	89	-
R_work	0.349	1652	-
obs	-	-	96.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4438	0.4841	-0.3519	0.7772	-0.6671	1.524	0.0827	-0.0432	-0.1388	0.0901	0.0836	-0.0961	-0.1604	-0.2054	-0.1664	0.1449	0.0724	-0.0507	0.1227	0.036	0.124	1.496	-23.812	-15.221
2	0.9439	0.3067	-0.3343	0.4939	-0.8223	1.9914	-0.1599	0.069	-0.0472	0.0675	0.1818	0.0133	-0.2701	-0.1099	-0.0219	0.1993	0.053	-0.0442	0.1317	-0.0263	0.0513	2.876	-11.131	-34.329
3	0.6952	0.3132	0.8115	0.2486	0.0056	2.9024	-0.3782	0.248	-0.3011	-0.0193	0.2797	-0.1824	-0.9975	-0.0631	0.0986	0.4866	0.0719	0.1131	0.2891	-0.1271	0.2448	6.917	-7.644	-33.953
4	1.0758	0.3384	0.9308	0.4138	0.0467	2.6041	0.0226	0.1221	0.1274	-0.034	0.0441	0.2173	0.2266	0.3227	-0.0667	0.1475	0.0724	-0.0314	0.0627	0.0114	0.1183	22.5	-44.679	-24.171
5	0.0883	0.0722	0.0691	0.0696	0.0298	0.1231	0.0122	0.0074	0.0079	0.0146	-0.0056	0.0087	0.0051	0.0312	-0.0065	0.0702	0.0059	0.0019	0.0569	0.0014	0.0585	35.2277	-43.3675	-5.039
6	0.9938	0.8846	0.3676	1.09	-0.3361	1.7009	0.1346	0.0083	0.1116	0.115	-0.204	0.126	-0.0015	0.4444	0.0693	0.0952	0.0616	0.0088	0.1992	0.0083	0.1226	38.744	-39.34	-5.445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	150 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	250 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	150 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	250 - 339

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)