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- PDB-3tn0: Structure of mouse Va14Vb8.2NKT TCR-mouse CD1d-a-C-Galactosylcera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tn0
タイトルStructure of mouse Va14Vb8.2NKT TCR-mouse CD1d-a-C-Galactosylceramide complex
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2 microglobulin
  • mouse NKT Valpha14 (MOUSE VARIABLE DOMAIN, HUMAN CONSTANT DOMAIN)
  • mouse NKT Vbeta8.2 (MOUSE VARIABLE DOMAIN, HUMAN CONSTANT DOMAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / mouse CD1d / mouse NKT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / late endosome / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QUX / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Patel, O. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: NKT TCR Recognition of CD1d-{alpha}-C-Galactosylceramide.
著者: Patel, O. / Cameron, G. / Pellicci, D.G. / Liu, Z. / Byun, H.S. / Beddoe, T. / McCluskey, J. / Franck, R.W. / Castano, A.R. / Harrak, Y. / Llebaria, A. / Bittman, R. / Porcelli, S.A. / ...著者: Patel, O. / Cameron, G. / Pellicci, D.G. / Liu, Z. / Byun, H.S. / Beddoe, T. / McCluskey, J. / Franck, R.W. / Castano, A.R. / Harrak, Y. / Llebaria, A. / Bittman, R. / Porcelli, S.A. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2 microglobulin
C: mouse NKT Valpha14 (MOUSE VARIABLE DOMAIN, HUMAN CONSTANT DOMAIN)
D: mouse NKT Vbeta8.2 (MOUSE VARIABLE DOMAIN, HUMAN CONSTANT DOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9928
ポリマ－96,2684
非ポリマー1,7234
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.171, 86.368, 236.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 34662.012 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pBacp10pH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2 microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m, RP23-34E24.5-001, mCG_11606 / プラスミド: pBacp10pH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91XJ8, UniProt: P01887*PLUS
#4: タンパク質 mouse NKT Vbeta8.2 (MOUSE VARIABLE DOMAIN, HUMAN CONSTANT DOMAIN)


分子量: 27166.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FOR CHAIN D, RESIDUES 1 TO 117 IS MOUSE VARIABLE DOMAIN AND 118-247 IS HUMAN CONSTANT DOMAIN
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS, Mus musculus / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

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抗体 / 非ポリマー , 2種, 2分子 C

#3: 抗体 mouse NKT Valpha14 (MOUSE VARIABLE DOMAIN, HUMAN CONSTANT DOMAIN)


分子量: 22779.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FOR CHAIN C, RESIDUES 1 TO 116 IS MOUSE VARIABLE DOMAIN AND 117-210 IS HUMAN CONSTANT DOMAIN
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS, Mus musculus / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#6: 化合物 ChemComp-QUX / N-[(3S,4S,5R)-4,5-dihydroxy-1-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]nonadecan-3-yl]hexacosanamide / N-[(1S,2S,3R)-1-(2-α-D-ガラクトピラノシルエチル)-2,3-ジヒドロキシヘプタデシル]ヘキサコサ(以下略)


分子量: 856.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H101NO8

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糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SWISS-PROT ENTRY P11609 CONFLICTS WITH BRADBURY ET AL., 1988 WHICH SUGGESTS A HISTIDINE IN PLACE OF ...SWISS-PROT ENTRY P11609 CONFLICTS WITH BRADBURY ET AL., 1988 WHICH SUGGESTS A HISTIDINE IN PLACE OF ASPARTATE. SEQUENCE IN THIS PDB AGREES WITH THE CITATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15-17% PEG 10K, 0.1M ammonium acetat, 0.1M BisTris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 20725 / Num. obs: 20725 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 56.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.272 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2959 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HE6

3he6


解像度: 3.2→48.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 63.025 / SU ML: 0.473 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.545 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2887 1056 5.1 %
Rwork0.22537 --
all0.2286 19755 -
obs0.2286 19666 99.55 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å2-0 Å2
2--7.32 Å20 Å2
3----7.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6471 0 116 0 6587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0216776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0051.9399236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4375823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73724.281313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.564151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3661532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1771.54137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.34426673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44232639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7614.52563
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 57 -
Rwork0.335 1360 -
obs-1417 94.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00970.49841.3113.53270.0285.28890.08510.440.0206-0.0709-0.1237-0.21940.0090.47050.03850.22630.0356-0.03460.44390.15180.288914.8633-47.350973.9446
24.58030.8507-0.95854.1046-2.20773.7925-0.2828-0.16330.51160.51590.1177-0.1257-0.03460.03130.16510.482-0.0221-0.09120.1483-0.13760.202823.1904-50.3904112.4135
34.8994-0.19620.56823.83254.283911.0721-0.09560.04070.45010.4870.14380.2442-0.1267-0.8361-0.04810.36550.09770.08380.21090.16610.29376.0592-45.925101.1338
44.5428-1.05357.12413.6906-2.897615.69620.2640.74150.3685-0.1177-0.1163-0.18170.09141.0081-0.14770.05090.00480.08190.56770.20640.29453.8415-37.109941.6244
511.5038-0.5652-2.67857.8605-0.61889.80910.0889-0.41310.48440.5835-0.1181-0.0301-0.41760.04880.02920.4252-0.0066-0.03750.10010.02460.0487-18.3431-27.837715.8183
610.1952-1.07912.90456.3189-3.29586.17780.75750.0595-0.924-0.5661-0.08080.09911.0907-0.2987-0.67670.3756-0.0245-0.08460.31660.13220.3107-13.0422-52.128548.8918
74.97490.8507-4.18924.1064-2.561910.16310.2372-0.4522-0.5235-0.3189-0.02320.20480.4331-0.6302-0.21410.1867-0.076-0.17260.220.13640.43-23.8334-43.886620.938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 186
2X-RAY DIFFRACTION1A1
3X-RAY DIFFRACTION1A303
4X-RAY DIFFRACTION1A304
5X-RAY DIFFRACTION1A305 - 306
6X-RAY DIFFRACTION2A187 - 299
7X-RAY DIFFRACTION3B2 - 99
8X-RAY DIFFRACTION4C4 - 116
9X-RAY DIFFRACTION5C117 - 208
10X-RAY DIFFRACTION6D5 - 117
11X-RAY DIFFRACTION7D118 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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