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- PDB-3tm8: Bd1817, a HDG"Y"P protein from Bdellovibrio bacteriovorus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tm8
タイトルBd1817, a HDG"Y"P protein from Bdellovibrio bacteriovorus
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / SIGNALING PROTEIN / HD-GYP / phosphodiesterase / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


HD-GYP domain / HD domain / HD-GYP domain profile. / HDIG domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / HD-GYP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Lovering, A.L.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2011
タイトル: The structure of an unconventional HD-GYP protein from Bdellovibrio reveals the roles of conserved residues in this class of cyclic-di-GMP phosphodiesterases.
著者: Lovering, A.L. / Capeness, M.J. / Lambert, C. / Hobley, L. / Sockett, R.E.
履歴
登録2011年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,80013
ポリマ－74,0282
非ポリマー77211
水10,341574
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3776
ポリマ－37,0141
非ポリマー3635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4237
ポリマ－37,0141
非ポリマー4096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.170, 79.840, 84.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Bd1817


分子量: 37013.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
株: HD100 / 遺伝子: Bd1817 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6MM30

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非ポリマー , 5種, 585分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis Tris pH 5.5, 0.2M Ammonium Acetate, 25% w/v PEG 3350, 20% v/v DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→30.6 Å / Num. all: 161918 / Num. obs: 161271 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.28→1.35 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.28→30.402 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 8085 5.02 %random
Rwork0.1653 ---
all0.1668 161918 --
obs0.1668 161191 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.954 Å2 / ksol: 0.51 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2072 Å2-0 Å2-1.0005 Å2
2--0.7409 Å2-0 Å2
3----0.5336 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→30.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4892 0 34 574 5500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0237017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.792018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.29050.34012490.29954960X-RAY DIFFRACTION97
1.2905-1.30570.29842890.27355050X-RAY DIFFRACTION99
1.3057-1.32160.27812730.23365022X-RAY DIFFRACTION99
1.3216-1.33830.23692820.21285025X-RAY DIFFRACTION99
1.3383-1.35590.23992980.19265063X-RAY DIFFRACTION99
1.3559-1.37450.21922850.17655074X-RAY DIFFRACTION99
1.3745-1.39410.21132430.16335071X-RAY DIFFRACTION100
1.3941-1.4150.20112760.1555115X-RAY DIFFRACTION100
1.415-1.43710.18163050.1455082X-RAY DIFFRACTION100
1.4371-1.46060.20372590.14385090X-RAY DIFFRACTION100
1.4606-1.48580.16092800.1335119X-RAY DIFFRACTION100
1.4858-1.51280.18422440.12895139X-RAY DIFFRACTION100
1.5128-1.54190.18112580.12865109X-RAY DIFFRACTION100
1.5419-1.57340.18882570.13175195X-RAY DIFFRACTION100
1.5734-1.60760.16352640.1285025X-RAY DIFFRACTION100
1.6076-1.6450.15992600.12455148X-RAY DIFFRACTION100
1.645-1.68610.17032590.135184X-RAY DIFFRACTION100
1.6861-1.73170.1622670.13365051X-RAY DIFFRACTION100
1.7317-1.78270.19052950.13995125X-RAY DIFFRACTION100
1.7827-1.84020.1882760.14535092X-RAY DIFFRACTION100
1.8402-1.9060.182510.14715149X-RAY DIFFRACTION100
1.906-1.98230.18452680.14785145X-RAY DIFFRACTION100
1.9823-2.07250.2032810.15625134X-RAY DIFFRACTION100
2.0725-2.18170.16392830.14865106X-RAY DIFFRACTION100
2.1817-2.31830.17282560.1485164X-RAY DIFFRACTION100
2.3183-2.49730.17342730.15545154X-RAY DIFFRACTION100
2.4973-2.74840.19312560.1715142X-RAY DIFFRACTION100
2.7484-3.14580.20212760.18295169X-RAY DIFFRACTION100
3.1458-3.9620.19892680.18075144X-RAY DIFFRACTION100
3.962-30.4110.23342540.22055060X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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