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- PDB-3tlq: Crystal structure of EAL-like domain protein YdiV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tlq
タイトルCrystal structure of EAL-like domain protein YdiV
要素Regulatory protein YdiV
キーワードTRANSCRIPTION / Anti-Flhd4c2 factor / Repress motility
機能・相同性negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / EAL domain / EAL domain / EAL domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Putative anti-FlhC(2)FlhD(4) factor YdiV
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Li, B. / Li, N. / Wang, F. / Guo, L. / Liu, C. / Zhu, D. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility
著者: Li, B. / Li, N. / Wang, F. / Guo, L. / Huang, Y. / Liu, X. / Wei, T. / Zhu, D. / Liu, C. / Pan, H. / Xu, S. / Wang, H.W. / Gu, L.
履歴
登録2011年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references / Other
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein YdiV
B: Regulatory protein YdiV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,80911
ポリマ－54,9632
非ポリマー8469
水7,044391
1
A: Regulatory protein YdiV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2339
ポリマ－27,4821
非ポリマー7518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Regulatory protein YdiV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5772
ポリマ－27,4821
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.576, 50.348, 111.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein YdiV / EAL-like domain protein YdiV


分子量: 27481.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: b1707, JW1697, ydiV / プラスミド: pGL01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76204
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 2.0M Sodium/Potassium phosphate PH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月31日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 41951 / Num. obs: 41951 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 17.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.91-1.9830.1975.4839370.19794.1
4.11-503.60.05325.5343730.05399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.91→39.635 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2004 1940 4.75 %RANDOM
Rwork0.1718 ---
all0.1732 40814 --
obs0.1732 40814 96.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.925 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5628 Å20 Å20.0883 Å2
2--2.4489 Å2-0 Å2
3----0.8861 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3791 0 48 391 4230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0765343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5391428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005685
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9087-1.95640.24031190.1909248788
1.9564-2.00930.20911320.1603264592
2.0093-2.06850.18861460.1607267793
2.0685-2.13520.21211260.157271895
2.1352-2.21150.19271320.1553276096
2.2115-2.30010.21231470.151273796
2.3001-2.40470.19241390.1621275396
2.4047-2.53150.21031420.1747281297
2.5315-2.69010.23041400.1776280298
2.6901-2.89770.1891410.1737286099
2.8977-3.18920.18961380.1703288499
3.1892-3.65040.19921430.1641285699
3.6504-4.5980.17111480.1613293299
4.598-39.64360.21931470.2175295199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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