PDB-3tlg: Microcin C7 self immunity protein MccF in the inactive mutant APO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tlg

タイトル

Microcin C7 self immunity protein MccF in the inactive mutant APO state

要素

(MccF) x 2

キーワード

HYDROLASE / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

bacteriocin immunity / hydrolase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4993 Å

データ登録者

Agarwal, V. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and function of a serine carboxypeptidase adapted for degradation of the protein synthesis antibiotic microcin C7.
著者: Agarwal, V. / Tikhonov, A. / Metlitskaya, A. / Severinov, K. / Nair, S.K.

履歴

登録	2011年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tlg.cif.gz	165.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tlg.ent.gz	127 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tlg_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tlg_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	3tlg_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	3tlg_validation.cif.gz	59 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tlaC 3tlbC 3tlcC 3tleC 3tlyC 3tlzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tle-d 3tlc-d 3tly-d 3tla-d 4iiy-d 3tlz-d 4mi1-d 3u1b-d 3tlb-d 4lak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MccF

B: MccF

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.507, 85.808, 73.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MccF 分子量: 42013.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mccF / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2KKH9, UniProt: Q47511*PLUS
#2: タンパク質	MccF 分子量: 42060.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mccF / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2KKH9, UniProt: Q47511*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.38 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion, temperature 282K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.499→50 Å / Num. obs: 205542 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.499-1.55	4.6	0.121	1	99.8
1.55-1.62	4.7	0.111	1	100
1.62-1.69	4.7	0.101	1	100
1.69-1.78	4.7	0.094	1	100
1.78-1.89	4.7	0.09	1	100
1.89-2.04	4.7	0.08	1	99.9
2.04-2.24	4.7	0.073	1	99.9
2.24-2.56	4.6	0.073	1	99.7
2.56-3.23	4.6	0.064	1	99.7
3.23-50	4.5	0.059	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0056	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4993→26.133 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 16.98 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	10261	4.99 %
R_work	0.1613	-	-
obs	0.1628	205542	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.831 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9458 Å²	0 Å²	1.3742 Å²
2-	-	3.2133 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2675 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4993→26.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5244	0	0	973	6217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5363
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	7263
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.623	1973
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4993-1.5164	0.1987	351	0.16	6040	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5164-1.5342	0.201	386	0.1595	6516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5342-1.5529	0.1873	351	0.1571	6652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5529-1.5726	0.1792	341	0.1493	6534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5726-1.5932	0.1938	320	0.1543	6729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5932-1.6151	0.1959	330	0.1569	6598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6151-1.6381	0.1772	318	0.1479	6588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6381-1.6626	0.2097	314	0.1583	6694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6626-1.6886	0.1781	370	0.1554	6490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6886-1.7162	0.1717	344	0.1516	6650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7162-1.7458	0.1953	386	0.1488	6596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7458-1.7776	0.1724	354	0.1493	6530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7776-1.8117	0.1888	333	0.1564	6605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8117-1.8487	0.2113	364	0.1597	6591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8487-1.8889	0.1922	329	0.1627	6542	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8889-1.9328	0.182	332	0.1535	6545	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9328-1.9811	0.1942	347	0.1606	6615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9811-2.0347	0.1866	359	0.161	6441	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0347-2.0945	0.1816	367	0.1565	6628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0945-2.1621	0.1972	324	0.1595	6598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1621-2.2394	0.1857	322	0.158	6436	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2394-2.329	0.1626	333	0.1569	6558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.329-2.4349	0.1845	320	0.1621	6465	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4349-2.5632	0.1969	360	0.1637	6376	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5632-2.7236	0.1849	340	0.1619	6442	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7236-2.9336	0.2158	355	0.1802	6465	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9336-3.2284	0.1968	311	0.1707	6500	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2284-3.6944	0.1866	330	0.1606	6408	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6944-4.6503	0.1759	340	0.1526	6302	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6503-26.137	0.2171	330	0.1847	6147	X-RAY DIFFRACTION	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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