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- PDB-3tl4: Crystal Structure of the tRNA Binding Domain of Glutaminyl-tRNA S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tl4
タイトルCrystal Structure of the tRNA Binding Domain of Glutaminyl-tRNA Synthetase from Saccharomyces cerevisiae
要素Glutaminyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / glutamine / tRNA synthetase / appended domain / hinge / tRNA ligase / amidotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine-tRNA ligase / glutamine-tRNA ligase activity / glutaminyl-tRNA aminoacylation / sequence-specific mRNA binding / mRNA binding / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 1, domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2420 / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain 2 / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain, N-terminal / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain, N-terminal, subdomain 1 / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain, N-terminal, subdomain 2 / Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 2 / Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 1 / Glutamine-tRNA synthetase / : ...Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 1, domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2420 / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain 2 / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain, N-terminal / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain, N-terminal, subdomain 1 / Glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, non-specific RNA-binding domain, N-terminal, subdomain 2 / Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 2 / Glutaminyl-tRNA synthetase, non-specific RNA binding region part 1 / Glutamine-tRNA synthetase / : / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Grant, T.D. / Snell, E.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2012
タイトル: Structural conservation of an ancient tRNA sensor in eukaryotic glutaminyl-tRNA synthetase.
著者: Grant, T.D. / Snell, E.H. / Luft, J.R. / Quartley, E. / Corretore, S. / Wolfley, J.R. / Snell, M.E. / Hadd, A. / Perona, J.J. / Phizicky, E.M. / Grayhack, E.J.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22012年6月13日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Glutaminyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5011
ポリマ-21,5011
非ポリマー00
1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.800, 34.620, 74.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamine--tRNA ligase / GlnRS


分子量: 21501.047 Da / 分子数: 1 / 断片: tRNA Binding Domain (UNP residues 1-187) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GLN4, O3601, YOR168W / プラスミド: BG2483 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: P13188, glutamine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: 100mM KCl, 100mM Tris, 20% (w/v) PEG 4000, pH 8.0, microbatch under oil, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97904, 0.91162, 0.97937
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979041
20.911621
30.979371
反射解像度: 2.3→73.615 Å / Num. all: 9393 / Num. obs: 9393 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.426.60.491.6900213600.49100
2.42-2.576.60.3582.2851512840.358100
2.57-2.756.60.2892.7787211880.289100
2.75-2.976.60.1924761311470.192100
2.97-3.256.60.1256.1672410180.125100
3.25-3.646.60.0769.862829540.076100
3.64-4.26.50.05812.454448390.058100
4.2-5.146.40.0513.846347210.05100
5.14-7.276.30.05412.935375620.054100
7.27-26.2995.80.03319.218663200.03398.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→26.299 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 448 4.77 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.1837 9385 99.98 %-
all-9394 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.402 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 287.14 Å2 / Biso mean: 35.0726 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6216 Å2-0 Å22.6902 Å2
2---0.8709 Å2-0 Å2
3---4.9143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1489 0 0 82 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0342033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.39587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3001-2.63270.26161420.231429363078
2.6327-3.31590.28371420.194929723114
3.3159-26.30110.17021640.160630293193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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