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- PDB-3tjp: Crystal Structure of PI3K gamma with N6-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tjp
タイトルCrystal Structure of PI3K gamma with N6-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-morpholino-[4,5'-bipyrimidine]-2',6-diamine
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Multi-Domain / Lipid Kinase cell signaling / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-13K / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Knapp, M.S. / Elling, R.A. / Ornelas, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Identification of 5-(2,4-dimorpholinopyrimidin-6-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine (NVP-BKM120) as a Potent, Selective and Orally Bioavailable Class I PI3 Kinase Inhibitor for ...タイトル: The Identification of 5-(2,4-dimorpholinopyrimidin-6-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine (NVP-BKM120) as a Potent, Selective and Orally Bioavailable Class I PI3 Kinase Inhibitor for the Treatment of Cancer
著者: Burger, M.T. / Pecchi, S. / Wagman, A. / Ni, Z.-J. / Knapp, M.S. / Hendrickson, T. / Atallah, G. / Pfister, K. / Yanchen, Z. / Bartulis, S. / Frazier, K. / Ng, S. / Smith, A. / Verhagen, J. / ...著者: Burger, M.T. / Pecchi, S. / Wagman, A. / Ni, Z.-J. / Knapp, M.S. / Hendrickson, T. / Atallah, G. / Pfister, K. / Yanchen, Z. / Bartulis, S. / Frazier, K. / Ng, S. / Smith, A. / Verhagen, J. / Haznedar, J. / Huh, K. / Iwanowicz, E. / Xin, X. / Menezes, D. / Merritt, H. / Lee, I. / Weisman, M. / Kaufman, S. / Crawford, K. / Chin, M. / Bussiere, D. / Shoemaker, K. / Zaror, I. / Maira, M. / Voliva, C.
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2623
ポリマ－110,7561
非ポリマー5062
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.145, 67.395, 106.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5- ...PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110-gamma / p120-PI3K


分子量: 110756.164 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 144-1102 / 変異: Q459R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-13K / N~6~-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-(morpholin-4-yl)-4,5'-bipyrimidine-2',6-diamine


分子量: 409.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Q TO R SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P48736

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16-19% PEG 4000, 0.2M SODIUM ACETATE,0.1M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS PH 8.5, PROTEIN at 6MG/ML IN 20MM TRIS PH 7.2, 50MM AMMSO4, 1% BETAINE, 1% ETHYLENE GLYCOL, 0.02% CHAPS, 5MM DTT, VAPOR ...詳細: 16-19% PEG 4000, 0.2M SODIUM ACETATE,0.1M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS PH 8.5, PROTEIN at 6MG/ML IN 20MM TRIS PH 7.2, 50MM AMMSO4, 1% BETAINE, 1% ETHYLENE GLYCOL, 0.02% CHAPS, 5MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月1日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→105.499 Å / Num. all: 30574 / Num. obs: 27401 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.853.20.5771.21189637190.57793.2
2.85-3.024.10.3951.81557638270.395100
3.02-3.234.10.2412.21465335720.241100
3.23-3.4940.1573.71339233250.157100
3.49-3.8240.0976.21238330620.097100
3.82-4.2740.0728.51113727770.072100
4.27-4.934.10.05510.91009524880.055100
4.93-6.0440.05311.2844320940.053100
6.04-8.5440.04910.9644816220.04999.9
8.54-105.4093.70.04811.134139150.04898

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P2B

3p2b


解像度: 2.7→51.618 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.76 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 30.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 2658 5.02 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.213 27401 98.53 %-
all-30574 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.738 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 281.79 Å2 / Biso mean: 104.4745 Å2 / Biso min: 38.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3385 Å20 Å22.9064 Å2
2--3.5321 Å2-0 Å2
3----6.8706 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→51.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6542 0 35 31 6608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5849127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.552404
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.74910.47151070.34272288239585
2.7491-2.8020.331400.3262554269492
2.802-2.85920.3791270.3032570269798
2.8592-2.92130.36641270.283627682895100
2.9213-2.98930.31291570.25225932750100
2.9893-3.0640.31151320.249427042836100
3.064-3.14690.32051490.249127312880100
3.1469-3.23950.33981590.255826192778100
3.2395-3.3440.28841290.240926882817100
3.344-3.46350.3091540.227726802834100
3.4635-3.60210.27091120.215727032815100
3.6021-3.7660.27881250.200827492874100
3.766-3.96450.27431460.207826772823100
3.9645-4.21280.27091620.194426422804100
4.2128-4.53790.26521460.17726632809100
4.5379-4.99420.22761320.179127072839100
4.9942-5.71610.30291480.206226972845100
5.7161-7.19860.28331520.233826652817100
7.1986-51.62720.1851540.18092639279399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6934-0.16460.23481.1162-0.03262.71350.09980.0273-0.31320.06610.03830.37230.0659-0.2762-0.05680.55080.0705-0.05750.2959-0.03670.462531.4055-11.973623.8994
24.5812-0.71010.9160.8571-0.2993.91040.16540.2926-0.533-0.09820.01670.020.00540.5704-0.04610.3171-0.00250.05890.1845-0.05930.268245.1662-9.055426.08
34.0425-1.13991.22164.28120.38633.0539-0.17460.21940.8940.2608-0.07820.2407-0.7046-0.70170.12630.62870.17240.01060.58550.09250.662718.680311.70924.7561
42.3683-0.33780.76572.28880.06240.2703-0.2993-0.47011.09620.3897-0.17340.0055-0.8953-0.2460.20331.08540.0378-0.17210.5197-0.14010.679333.510616.989339.0155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 144:427)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 428:752)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 753:965)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 966:1092)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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