ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC5.5.0109精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング MOLREP位相決定 HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 3SY3解像度 : 2.1→38 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.957 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.932 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.4 / SU B : 12.224 / SU ML : 0.145 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R Free : 0.193 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.245 2449 5 % RANDOM Rwork 0.1928 - - - all 0.1955 48535 - - obs 0.1955 48535 97.65 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 120.02 Å2 / Biso mean : 42.2101 Å2 / Biso min : 14.17 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -2.21 Å2 0 Å2 0.51 Å2 2- - 4.56 Å2 0 Å2 3- - - -2.13 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→38 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5665 0 135 234 6034
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 16) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.019 0.022 6046 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 3937 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.717 1.969 8208 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.906 3 9699 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.616 5 737 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg42.296 25.479 303 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.966 15 1082 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.711 15 19 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.098 0.2 928 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.02 6660 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1171 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.05 1.5 3590 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.262 1.5 1444 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.952 2 5833 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.125 3 2456 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.059 4.5 2359
LS精密化 シェル 解像度 : 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.327 149 - Rwork 0.281 2690 - all - 2839 - obs - 2839 78.34 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.4876 -0.2167 0.2244 1.0517 -0.7886 0.8751 -0.0409 -0.0709 0.0803 -0.0337 0.0516 0.0155 0.0471 -0.0072 -0.0107 0.0138 0.0147 0.0114 0.0462 -0.0189 0.0141 31.0122 49.946 47.9212 2 0.736 0.6784 -0.1287 1.1886 0.1213 0.2404 -0.0399 0.2259 -0.0683 -0.0207 0.0942 -0.0739 -0.0391 -0.0732 -0.0543 0.0196 -0.0044 0.0194 0.0951 -0.0351 0.047 50.677 39.2066 34.5097 3 1.5776 -1.105 0.491 1.131 -0.4357 1.1124 0.0556 0.0231 0.0084 -0.0245 -0.021 -0.0586 0.093 -0.1525 -0.0346 0.0506 -0.0627 0.0202 0.0454 0.003 0.0174 74.5476 38.3197 12.6857 4 1.1636 0.3195 -0.2815 0.8896 0.8208 3.0833 0.0869 -0.1214 0.1862 -0.1979 -0.0311 0.2842 -0.293 0.3032 -0.0558 0.0523 -0.0319 0.0283 0.0898 0.0057 0.0804 89.6082 49.2672 -5.8501
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A0 - 175 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A501 - 609 3 X-RAY DIFFRACTION 1 A193 - 254 4 X-RAY DIFFRACTION 2 B0 - 175 5 X-RAY DIFFRACTION 2 B501 6 X-RAY DIFFRACTION 2 B193 - 274 7 X-RAY DIFFRACTION 3 C0 - 176 8 X-RAY DIFFRACTION 3 C501 - 610 9 X-RAY DIFFRACTION 3 C193 - 242 10 X-RAY DIFFRACTION 4 D-1 - 174 11 X-RAY DIFFRACTION 4 D501 - 605 12 X-RAY DIFFRACTION 4 D193 - 234