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- PDB-3tho: Crystal structure of Mre11:Rad50 in its ATP/ADP bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tho
タイトルCrystal structure of Mre11:Rad50 in its ATP/ADP bound state
要素
  • Exonuclease, putative
  • Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
キーワードHYDROLASE/DNA BINDING PROTEIN / Adenosine Triphosphate / Bacterial Proteins / DNA Breaks / Double-Stranded / DNA Repair / DNA Repair Enzymes / DNA-Binding Proteins / Endodeoxyribonucleases / Exodeoxyribonucleases / Models / Molecular / Scattering / Small Angle / Thermotoga maritima / ABC ATPase / nuclease / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / DNA repair complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA replication / DNA repair ...DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / DNA repair complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #980 / DNA double-strand break repair nuclease / : / : / Mre11 accessory DNA binding capping domain / Mre11 C-terminal domain, bacteria / Helix hairpin bin / Nuclease SbcCD subunit D / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. ...Helix Hairpins - #980 / DNA double-strand break repair nuclease / : / : / Mre11 accessory DNA binding capping domain / Mre11 C-terminal domain, bacteria / Helix hairpin bin / Nuclease SbcCD subunit D / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / DNA double-strand break repair protein Mre11 / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6081 Å
データ登録者Moeckel, C. / Lammens, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: ATP driven structural changes of the bacterial Mre11:Rad50 catalytic head complex.
著者: Mockel, C. / Lammens, K. / Schele, A. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,57116
ポリマ－87,0502
非ポリマー1,52114
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA
2
A: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子

A: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,14332
ポリマ－174,1014
非ポリマー3,04228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area20000 Å2
ΔGint-391 kcal/mol
Surface area64240 Å2
手法PISA
3
A: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
ヘテロ分子

A: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
ヘテロ分子

B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子

B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,14332
ポリマ－174,1014
非ポリマー3,04228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z+1/31
crystal symmetry operation4_565y,x+1,-z1
Buried area11290 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area72950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.772, 121.772, 135.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase


分子量: 43077.074 Da / 分子数: 1
断片: nucleotide binding domain, UNP residues 1-190 and 686-852
変異: D804C, H830C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: rad50, TM_1636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X1
#2: タンパク質 Exonuclease, putative


分子量: 43973.297 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-385 / 変異: H94Q, F291S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0

-
非ポリマー , 6種, 57分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.2 M ammonium sulfate 0.2 M ammonium L-tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 35646 / Observed criterion σ(I): 19.32
反射 シェル解像度: 2.6→2.61 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6081→49.121 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3809 5.59 %random
Rwork0.2042 ---
obs0.2064 35646 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.206 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7028 Å20 Å20 Å2
2---1.7028 Å20 Å2
3---3.4057 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6081→49.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5850 0 80 43 5973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1568097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9482316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6081-2.64110.32521380.30732239X-RAY DIFFRACTION93
2.6411-2.67580.36471400.30562335X-RAY DIFFRACTION100
2.6758-2.71250.30611440.29292415X-RAY DIFFRACTION100
2.7125-2.75120.32421400.29072389X-RAY DIFFRACTION100
2.7512-2.79230.33451400.25772363X-RAY DIFFRACTION100
2.7923-2.83590.27951520.26492417X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-2.88240.31381440.26352371X-RAY DIFFRACTION100
2.8824-2.93210.33971340.25772403X-RAY DIFFRACTION100
2.9321-2.98540.29281440.25752382X-RAY DIFFRACTION100
2.9854-3.04280.29331410.2572371X-RAY DIFFRACTION100
3.0428-3.10490.32751420.23962349X-RAY DIFFRACTION100
3.1049-3.17250.25731440.23542390X-RAY DIFFRACTION100
3.1725-3.24620.29541440.21922409X-RAY DIFFRACTION100
3.2462-3.32740.3181340.23342409X-RAY DIFFRACTION100
3.3274-3.41730.24941420.22332373X-RAY DIFFRACTION100
3.4173-3.51790.27541340.20112387X-RAY DIFFRACTION100
3.5179-3.63140.20391420.20292410X-RAY DIFFRACTION100
3.6314-3.76110.20381380.18912387X-RAY DIFFRACTION100
3.7611-3.91170.22621500.18412360X-RAY DIFFRACTION100
3.9117-4.08960.17931420.18592397X-RAY DIFFRACTION100
4.0896-4.30510.24861290.17182400X-RAY DIFFRACTION100
4.3051-4.57460.20091460.16572382X-RAY DIFFRACTION100
4.5746-4.92760.18961480.16012376X-RAY DIFFRACTION100
4.9276-5.42290.19681330.17712398X-RAY DIFFRACTION100
5.4229-6.20620.26881380.22292389X-RAY DIFFRACTION100
6.2062-7.81410.2781480.21732388X-RAY DIFFRACTION100
7.8141-49.13010.20711380.18252388X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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