+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3thg | ||||||
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Title | Crystal structure of the creosote Rubisco activase C-domain | ||||||
Components | Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Four-helix bundle / Rubisco reactivation / Chloroplast Stroma / AAA+ / ATPase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Larrea tridentata (creosote bush) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Henderson, J.N. / Kuriata, A.M. / Fromme, R. / Salvucci, M.E. / Wachter, R.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Atomic resolution x-ray structure of the substrate recognition domain of higher plant ribulose-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) activase. Authors: Henderson, J.N. / Kuriata, A.M. / Fromme, R. / Salvucci, M.E. / Wachter, R.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3thg.cif.gz | 56.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3thg.ent.gz | 41.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3thg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3thg_validation.pdf.gz | 430.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3thg_full_validation.pdf.gz | 431.8 KB | Display | |
Data in XML | 3thg_validation.xml.gz | 7 KB | Display | |
Data in CIF | 3thg_validation.cif.gz | 8.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12022.628 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 308-409 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Larrea tridentata (creosote bush) / Gene: RCA1 / Plasmid: pET151-DTOPO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21*(DE3) / References: UniProt: Q7X9A0 |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNP Q7X9A0 IS WRONG AT THE POSITION H354 |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris, 0.2 M trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2000, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 283K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 9.9 % / Av σ(I) over netI: 4.28 / Number: 54867 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.092 / D res high: 1.88 Å / Num. obs: 8910 / % possible obs: 37.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 1.88→48.135 Å / Num. all: 12496 / Num. obs: 12496 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.9 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 22.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.88→48.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 7.204 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1251 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.118 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.106 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→48.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.884→1.932 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 4.732 Å / Origin y: 28.307 Å / Origin z: 88.663 Å
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