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万見
- PDB-3tgl: STRUCTURE AND MOLECULAR MODEL REFINEMENT OF RHIZOMUCOR MIEHEI TRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tgl
タイトルSTRUCTURE AND MOLECULAR MODEL REFINEMENT OF RHIZOMUCOR MIEHEI TRIACYLGLYCERIDE LIPASE: A CASE STUDY OF THE USE OF SIMULATED ANNEALING IN PARTIAL MODEL REFINEMENT
要素TRIACYL-GLYCEROL ACYLHYDROLASE
キーワードHYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhizomucor miehei (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Brady, L. / Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z.S. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Tolley, S.P. / Turkenburg, J.P. / Christiansen, L. / Huge-Jensen, B. / Norskov, L. / Thim, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: STRUCTURE AND MOLECULAR-MODEL REFINEMENT OF RHIZOMUCOR-MIEHEI TRIACYLGLYCERIDE LIPASE - A CASE-STUDY OF THE USE OF SIMULATED ANNEALING IN PARTIAL MODEL REFINEMENT.
著者: Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z.S. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Turkenburg, J.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: The Crystal and Molecular Structure of the Rhizomucor Miehei Triacylglyceride Lipase at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Derewenda, Z.S. / Derewenda, U. / Dodson, G.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: A Model for Interfacial Activation in Lipases from the Structure of a Fungal Lipase-Inhibitor Complex
著者: Brzozowski, A.M. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. / Dodson, G.G. / Lawson, D.M. / Turkenburg, J.P. / Bjorkling, F. / Huge-Jensen, B. / Patka, S.A. / Thim, L.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: A Serine Protease Triad Forms the Catalytic Centre of a Triacylglycerol Lipase
著者: Brady, L. / Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z.S. / Dodson, E. / Dodson, G. / Tolley, S. / Turkenburg, J.P. / Christiansen, L. / Huge-Jensen, B. / Norskov, L. / Thim, L. / Menge, U.
履歴
登録1991年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIACYL-GLYCEROL ACYLHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5941
ポリマ－29,5941
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.600, 75.000, 55.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 34, PRO 209, PRO 229, AND PRO 250 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 TRIACYL-GLYCEROL ACYLHYDROLASE


分子量: 29594.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizomucor miehei (菌類) / 参照: UniProt: P19515, triacylglycerol lipase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE 156 IN THIS ENTRY IS ASP AS IDENTIFIED BY ELECTRON DENSITY. IN THE CDNA SEQUENCE IT WAS ...RESIDUE 156 IN THIS ENTRY IS ASP AS IDENTIFIED BY ELECTRON DENSITY. IN THE CDNA SEQUENCE IT WAS INCORRECTLY ASSIGNED AS GLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.05 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-16 mg/mlprotein1drop
355-75 %(v/v)satphosphate1reservoir
2Tris/HCl1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 3.45 Å / Num. all: 24101 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge F obs: 0.0807

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→7.5 Å / Rfactor obs: 0.129
詳細: THERE ARE SOME ERRORS IN THE SEQUENCE DUE TO UNCERTAINTY IN THE ORIENTATION OF SIDE CHAINS. THESE DIFFERENCES ARE MINOR AND IN NO WAY COMPROMISE THE OVERALL QUALITY OF THE STRUCTURE OR THE ...詳細: THERE ARE SOME ERRORS IN THE SEQUENCE DUE TO UNCERTAINTY IN THE ORIENTATION OF SIDE CHAINS. THESE DIFFERENCES ARE MINOR AND IN NO WAY COMPROMISE THE OVERALL QUALITY OF THE STRUCTURE OR THE SUITABILITY FOR MODELING OR MOLECULAR REPLACEMENT. SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN PIR AND PDB SEQUENCE. PIR ENTRY NAME: A34959 PIR RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ALA 150 VAL 150 GLY 156 ASP 156
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 0 230 2289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0790.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0970.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it5.231
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.881.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it9.371.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it11.752
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2160.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3030.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.4390
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor33.3890
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 7.5 Å / Num. reflection obs: 18960 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.129
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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