ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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XDS | データスケーリング | MOLREP | 位相決定 | PHENIX | 精密化 | XDS | データ削減 | XSCALE | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→30.59 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.24 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.187 | 1530 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1495 | - | - | - |
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obs | 0.1513 | 29064 | 99.55 % | - |
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all | - | 30594 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.226 Å2 / ksol: 0.455 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.5133 Å2 | -0 Å2 | -2.9378 Å2 |
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2- | - | 1.719 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -4.2323 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.59 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1431 | 0 | 46 | 158 | 1635 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1571 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.048 | 2145 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.853 | 556 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.071 | 228 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 275 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.4-1.4452 | 0.2393 | 138 | 0.1886 | 2609 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.4452-1.4969 | 0.241 | 139 | 0.1642 | 2636 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.4969-1.5568 | 0.1624 | 138 | 0.1372 | 2626 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.5568-1.6276 | 0.2228 | 138 | 0.1369 | 2626 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.6276-1.7134 | 0.1927 | 138 | 0.1276 | 2639 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.7134-1.8208 | 0.1819 | 138 | 0.1156 | 2616 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.8208-1.9613 | 0.1714 | 140 | 0.124 | 2655 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9613-2.1587 | 0.1712 | 139 | 0.1319 | 2644 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1587-2.4709 | 0.1711 | 138 | 0.1415 | 2632 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4709-3.1126 | 0.2159 | 141 | 0.1656 | 2670 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.1126-30.5977 | 0.1719 | 143 | 0.1679 | 2711 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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