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万見
- PDB-3tfk: 42F3-p4B10/H2-Ld -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tfk
タイトル42F3-p4B10/H2-Ld
要素
  • 42F3 alpha
  • 42F3 beta
  • H2-Ld SBM2
  • p4B10 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig MHC / Antigen recognition / TCR-pMHC / chimera protein / Membrane Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / immune response
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.753 Å
データ登録者Adams, J.J. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2011
タイトル: T cell receptor signaling is limited by docking geometry to peptide-major histocompatibility complex.
著者: Adams, J.J. / Narayanan, S. / Liu, B. / Birnbaum, M.E. / Kruse, A.C. / Bowerman, N.A. / Chen, W. / Levin, A.M. / Connolly, J.M. / Zhu, C. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H2-Ld SBM2
B: p4B10 peptide
C: 42F3 alpha
D: 42F3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7845
ポリマ－72,7224
非ポリマー621
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: H2-Ld SBM2
B: p4B10 peptide
C: 42F3 alpha
D: 42F3 beta
ヘテロ分子

A: H2-Ld SBM2
B: p4B10 peptide
C: 42F3 alpha
D: 42F3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,56710
ポリマ－145,4438
非ポリマー1242
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area19760 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area53180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.090, 102.090, 323.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 H2-Ld SBM2


分子量: 21072.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897*PLUS
#4: タンパク質 42F3 beta


分子量: 27248.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mouse-human chimera beta chain / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド / 抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質・ペプチド p4B10 peptide


分子量: 1017.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GenScript
#3: 抗体 42F3 alpha


分子量: 23383.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mouse-human chimera alpha chain / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 7分子

#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6
詳細: 16% PEG 3350, 0.2M ammonium nitrate and 0.1M Bis-Tris pH 6.6 in a 1:1 (v/v) drop with the TCR-pMHC complex. Crystals were soaked stepwise into well solution with 20% ethylene glycol and flash ...詳細: 16% PEG 3350, 0.2M ammonium nitrate and 0.1M Bis-Tris pH 6.6 in a 1:1 (v/v) drop with the TCR-pMHC complex. Crystals were soaked stepwise into well solution with 20% ethylene glycol and flash frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→80.77 Å / Num. all: 26925 / Num. obs: 26909 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TF7

3tf7


解像度: 2.753→50.42 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 30.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1348 5.04 %Random
Rwork0.2473 ---
all0.2496 28109 --
obs0.2496 26761 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.159 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8826 Å20 Å2-0 Å2
2--1.8826 Å20 Å2
3----3.7652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.753→50.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4972 0 4 6 4982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6216930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2981841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002910
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.753-2.85140.50921140.45652488X-RAY DIFFRACTION100
2.8514-2.96550.40711420.36752462X-RAY DIFFRACTION100
2.9655-3.10050.37611380.32792475X-RAY DIFFRACTION100
3.1005-3.26390.35371340.30792474X-RAY DIFFRACTION100
3.2639-3.46840.32831310.27532507X-RAY DIFFRACTION100
3.4684-3.73610.32031240.25772516X-RAY DIFFRACTION100
3.7361-4.11190.27111430.24562539X-RAY DIFFRACTION100
4.1119-4.70650.24691610.20012524X-RAY DIFFRACTION100
4.7065-5.92830.28031180.20222638X-RAY DIFFRACTION100
5.9283-50.4280.24391430.22392790X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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