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- PDB-3tep: LytR-CPS2a-Psr family protein with bound octaprenyl pyrophosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tep
タイトルLytR-CPS2a-Psr family protein with bound octaprenyl pyrophosphate lipid and magnesium ion
要素CPS2A, Integral membrane regulatory protein Wzg
キーワードTRANSFERASE / bacterial cell wall techoic acid synthesis / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LCP protein / DNA polymerase processivity factor / Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / DNA polymerase processivity factor / LytR_cpsA_psr family / Aminopeptidase / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZTP / Integral membrane regulatory protein Wzg
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Kawai, Y. / Marles-Wright, J. / Cleverley, R.M. / Emmins, R. / Ishikawa, S. / Kuwano, M. / Heinz, N. / Khai Bui, N. / Hoyland, C.N. / Ogasawara, N. ...Kawai, Y. / Marles-Wright, J. / Cleverley, R.M. / Emmins, R. / Ishikawa, S. / Kuwano, M. / Heinz, N. / Khai Bui, N. / Hoyland, C.N. / Ogasawara, N. / Lewis, R.J. / Vollmer, W. / Daniel, R.A. / Errington, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: A widespread family of bacterial cell wall assembly proteins.
著者: Kawai, Y. / Marles-Wright, J. / Cleverley, R.M. / Emmins, R. / Ishikawa, S. / Kuwano, M. / Heinz, N. / Bui, N.K. / Hoyland, C.N. / Ogasawara, N. / Lewis, R.J. / Vollmer, W. / Daniel, R.A. / Errington, J.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CPS2A, Integral membrane regulatory protein Wzg
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,24111
ポリマ－43,9971
非ポリマー1,24410
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.326, 73.326, 163.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CPS2A, Integral membrane regulatory protein Wzg


分子量: 43997.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: wzg, SPC02_0004 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K376
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZTP / (2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl trihydrogen diphosphate


分子量: 722.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H68O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE LIGAND COPURIFIED WITH THE OVEREXPRESSED CPS2A PROTEIN AND WAS ...THE OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE LIGAND COPURIFIED WITH THE OVEREXPRESSED CPS2A PROTEIN AND WAS DETECTED BY MASS SPECTROSCOPY; THE MASS SPECTROSCOPY DATA DO NOT RULE OUT THE PRESENCE OF OTHER POLYPRENOL PYROPHOSPHATE LIGANDS IN THE SAME BINDING SITE. THE LIGAND HAS BEEN MODELLED WITH THE SEVEN CHIRAL DOUBLE BONDS IN THE CIS CONFIGURATION, AS OCCUR IN THE EQUIVALENT DOUBLE BONDS IN THE LIPID CHAIN OF THE NATURALLY OCCURING SUBSTRATE OF THE ENZYME. THE ELECTRON DENSITY CAN ALSO ACOMMODATE DITRANSPENTACISOCTAPRENYL PYROPHOSPHATE{IUPAC NAME[(2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL] PHOSPHONOHYDROGEN PHOSPHATE}, AN INTERMEDIATE IN THE SYNTHESIS OF UNDECAPRENYL PYROPHOSPHATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium HEPES pH 7.5 9% PEG 8K 8% ethylene glycol 0.01M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→19.74 Å / Num. obs: 29614 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.441 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23267 1425 5 %RANDOM
Rwork0.18316 ---
obs0.18554 27088 95.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 82 279 3220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1311.984050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.295381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25425.814129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68615504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 77 -
Rwork0.215 1656 -
obs--88.28 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.201 Å / Origin y: 21.5452 Å / Origin z: -14.1857 Å
111213212223313233
T0.0162 Å20.0003 Å20.0155 Å2-0.0341 Å20.0018 Å2--0.0265 Å2
L0.0523 °20.0316 °20.0125 °2-0.5695 °20.0565 °2--0.2207 °2
S-0.0042 Å °0.0355 Å °0.0088 Å °0.0299 Å °-0.0424 Å °0.0815 Å °0.0104 Å °0.0026 Å °0.0466 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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