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- PDB-3teo: APO Form of carbon disulfide hydrolase (selenomethionine form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3teo
タイトルAPO Form of carbon disulfide hydrolase (selenomethionine form)
要素Carbon disulfide hydrolase
キーワードHYDROLASE / BETA CARBONIC ANHYDRASE FOLD / CARBON DISULFIDE HYDROLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon disulfide hydrolase / hydrogen sulfide biosynthetic process / carbonate dehydratase activity / hydrolase activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PE3 / Carbon disulfide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidianus sp. A1-3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Smeulders, M.J. / Barends, T.R.M.B. / Pol, A. / Scherer, A. / Zandvoort, M.H. / Udvarhelyi, A. / Khadem, A. / Menzel, A. / Hermans, J. / Shoeman, R.L. ...Smeulders, M.J. / Barends, T.R.M.B. / Pol, A. / Scherer, A. / Zandvoort, M.H. / Udvarhelyi, A. / Khadem, A. / Menzel, A. / Hermans, J. / Shoeman, R.L. / Wessels, H.J.C.T. / van den Heuvel, L.P. / Russ, L. / Schlichting, I. / Jetten, M.S.M. / Op den Camp, H.J.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Evolution of a new enzyme for carbon disulphide conversion by an acidothermophilic archaeon.
著者: Smeulders, M.J. / Barends, T.R. / Pol, A. / Scherer, A. / Zandvoort, M.H. / Udvarhelyi, A. / Khadem, A.F. / Menzel, A. / Hermans, J. / Shoeman, R.L. / Wessels, H.J. / van den Heuvel, L.P. / ...著者: Smeulders, M.J. / Barends, T.R. / Pol, A. / Scherer, A. / Zandvoort, M.H. / Udvarhelyi, A. / Khadem, A.F. / Menzel, A. / Hermans, J. / Shoeman, R.L. / Wessels, H.J. / van den Heuvel, L.P. / Russ, L. / Schlichting, I. / Jetten, M.S. / Op den Camp, H.J.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon disulfide hydrolase
B: Carbon disulfide hydrolase
C: Carbon disulfide hydrolase
D: Carbon disulfide hydrolase
E: Carbon disulfide hydrolase
F: Carbon disulfide hydrolase
G: Carbon disulfide hydrolase
H: Carbon disulfide hydrolase
I: Carbon disulfide hydrolase
J: Carbon disulfide hydrolase
K: Carbon disulfide hydrolase
L: Carbon disulfide hydrolase
M: Carbon disulfide hydrolase
N: Carbon disulfide hydrolase
O: Carbon disulfide hydrolase
P: Carbon disulfide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,81140
ポリマ－380,76216
非ポリマー2,04924
水15,133840
1
A: Carbon disulfide hydrolase
B: Carbon disulfide hydrolase
C: Carbon disulfide hydrolase
D: Carbon disulfide hydrolase
E: Carbon disulfide hydrolase
F: Carbon disulfide hydrolase
G: Carbon disulfide hydrolase
H: Carbon disulfide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,40620
ポリマ－190,3818
非ポリマー1,02512
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51230 Å2
ΔGint-444 kcal/mol
Surface area57760 Å2
手法PISA
2
I: Carbon disulfide hydrolase
J: Carbon disulfide hydrolase
K: Carbon disulfide hydrolase
L: Carbon disulfide hydrolase
M: Carbon disulfide hydrolase
N: Carbon disulfide hydrolase
O: Carbon disulfide hydrolase
P: Carbon disulfide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,40620
ポリマ－190,3818
非ポリマー1,02512
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50120 Å2
ΔGint-442 kcal/mol
Surface area56940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)227.180, 165.510, 115.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Carbon disulfide hydrolase


分子量: 23797.604 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A synthetic insert was used, codon-optimized for E. coli
由来: (組換発現) Acidianus sp. A1-3 (古細菌) / 株: A1-3 / 遺伝子: cs2 hydrolase / プラスミド: pET24bcs2hydsynth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0WXL9*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 25% PEG 1000, 200 mM LiCl 50 mM phosphate/citrate buffer, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98089 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年1月1日
詳細: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 154688 / Num. obs: 154688 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 19000 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 8.979 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. INITIAL MODEL OBTAINED WITH SELENIUM-SAD ON THE SAME CRYSTAL FORM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27091 9136 5.6 %THIN RESOLUTION SHELLS DUE TO CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
Rwork0.22386 ---
all0.22648 154688 --
obs0.22648 154688 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0.17 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26297 0 84 840 27221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02226917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0218863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8411.96636368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7673.00145706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.97753215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47823.4571296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.652154895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.02715224
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.24046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02129385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2321.516091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0251.56494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.448226279
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.581310826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9734.510089
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.289 12249 -
Rfree-0 -
obs--99.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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