PDB-3ten: Holo form of carbon disulfide hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ten

タイトル

Holo form of carbon disulfide hydrolase

要素

CS2 hydrolase

キーワード

HYDROLASE / NONE / BETA CARBONIC ANHYDRASE FOLD / CARBON DISULFIDE HYDROLYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon disulfide hydrolase / hydrogen sulfide biosynthetic process / carbonate dehydratase activity / hydrolase activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidianus sp. A1-3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Smeulders, M.J. / Barends, T.R.M.B. / Pol, A. / Scherer, A. / Zandvoort, M.H. / Udvarhelyi, A. / Khadem, A. / Menzel, A. / Hermans, J. / Shoeman, R.L. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Evolution of a new enzyme for carbon disulphide conversion by an acidothermophilic archaeon.
著者: Smeulders, M.J. / Barends, T.R. / Pol, A. / Scherer, A. / Zandvoort, M.H. / Udvarhelyi, A. / Khadem, A.F. / Menzel, A. / Hermans, J. / Shoeman, R.L. / Wessels, H.J. / van den Heuvel, L.P. / ...

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ten.cif.gz	319.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ten.ent.gz	262.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ten.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/3ten ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/3ten	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3teoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3teo-1 3teo-2 4q50-5 3wxx-d 1gx3-d 1w6f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CS2 hydrolase

B: CS2 hydrolase

C: CS2 hydrolase

D: CS2 hydrolase

E: CS2 hydrolase

F: CS2 hydrolase

G: CS2 hydrolase

H: CS2 hydrolase

ヘテロ分子

189 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.950, 113.240, 87.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 29 - 177 / Label seq-ID: 29 - 177

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	CS2 hydrolase 分子量: 23610.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acidianus sp. A1-3 (古細菌) / 参照: UniProt: G0WXL9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 25% PEG 1000 200 mM LiCl 50 mM phosphate/citrate buffer , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97178 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年1月1日詳細: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 63162 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.131
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / R_merge(I) obs: 0.463 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 15 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. INITIAL MODEL OBTAINED WITH SELENIUM-SAD IN SPACEGROUP C2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29922	3323	5.3 %	RANDOM
R_work	0.26573	-	-	-
all	0.2675	59897	-	-
obs	0.2675	59897	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13096	0	8	191	13295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	13384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.11	1.963	18080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	28656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.161	5	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.067	23.457	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.975	15	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.256	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	14640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	14062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	8071
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.056	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.375	1.5	10457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.046	1.5	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.416	2	13072
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.624	3	6228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.981	4.5	5008

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	877	tight positional	0.02	0.05
2	B	877	tight positional	0.02	0.05
3	C	877	tight positional	0.02	0.05
4	D	877	tight positional	0.02	0.05
5	E	877	tight positional	0.02	0.05
6	F	877	tight positional	0.02	0.05
7	G	877	tight positional	0.02	0.05
8	H	877	tight positional	0.02	0.05
1	A	1446	medium positional	0.45	0.5
2	B	1446	medium positional	0.47	0.5
3	C	1446	medium positional	0.45	0.5
4	D	1446	medium positional	0.5	0.5
5	E	1446	medium positional	0.48	0.5
6	F	1446	medium positional	0.43	0.5
7	G	1446	medium positional	0.45	0.5
8	H	1446	medium positional	0.53	0.5
1	A	877	tight thermal	0.03	0.5
2	B	877	tight thermal	0.04	0.5
3	C	877	tight thermal	0.03	0.5
4	D	877	tight thermal	0.03	0.5
5	E	877	tight thermal	0.03	0.5
6	F	877	tight thermal	0.03	0.5
7	G	877	tight thermal	0.03	0.5
8	H	877	tight thermal	0.03	0.5
1	A	1446	medium thermal	0.16	2
2	B	1446	medium thermal	0.22	2
3	C	1446	medium thermal	0.17	2
4	D	1446	medium thermal	0.18	2
5	E	1446	medium thermal	0.16	2
6	F	1446	medium thermal	0.16	2
7	G	1446	medium thermal	0.18	2
8	H	1446	medium thermal	0.18	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.35	4584	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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