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- PDB-3tee: Crystal Structure of Salmonella FlgA in open form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tee
タイトルCrystal Structure of Salmonella FlgA in open form
要素Flagella basal body P-ring formation protein flgA
キーワードCHAPERONE / Flagellar P-ring formation / Flagellar FlgI protein / Periplasmic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #760 / Flagella basal body P-ring formation protein FlgA, C-terminal / Flagellar protein FlgA / Chaperone for flagella basal body P-ring formation / SAF domain / SAF / SAF domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagella basal body P-ring formation protein FlgA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Matsunami, H. / Samatey, F.A. / Namba, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural flexibility of the periplasmic protein, FlgA, regulates flagellar P-ring assembly in Salmonella enterica
著者: Matsunami, H. / Yoon, Y.H. / Meshcheryakov, V.A. / Namba, K. / Samatey, F.A.
履歴
登録2011年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagella basal body P-ring formation protein flgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1527
ポリマ－23,6561
非ポリマー4966
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.520, 131.770, 49.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Flagella basal body P-ring formation protein flgA / Flagellar flga protein


分子量: 23655.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SJW1103 / 遺伝子: flgA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40131
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 18% PEG 2000, 0.8M lithium chloride, 0.05M citric acid, 18% glycerol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.983
シンクロトロンSPring-8 BL41XU21.07153, 1.07188, 1.09074
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年6月27日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年6月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATORMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9831
21.071531
31.071881
41.090741
反射解像度: 1.95→34.58 Å / Num. all: 25669 / Num. obs: 25669 / % possible obs: 98.69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 38.42 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3686 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→31.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9446 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9245 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 1302 5.07 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2012 25665 --
all-25665 --
原子変位パラメータBiso max: 133.94 Å2 / Biso mean: 50.9026 Å2 / Biso min: 23.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.2112 Å20 Å20 Å2
2--5.9051 Å20 Å2
3---3.3062 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.255 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1555 0 31 166 1752
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d564SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes227HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1599HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion211SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1908SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1599HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2162HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.75
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.03 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 139 4.85 %
Rwork0.2091 2725 -
all0.2096 2864 -
obs-2864 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6614 Å / Origin y: 36.0775 Å / Origin z: 15.3626 Å
111213212223313233
T-0.2565 Å20.0377 Å2-0.0783 Å2--0.2856 Å2-0.0599 Å2---0.2787 Å2
L0.4791 °2-0.3443 °20.0878 °2-0.5702 °2-0.2655 °2--0.1765 °2
S0.041 Å °0.0282 Å °-0.1577 Å °-0.0199 Å °0.1098 Å °-0.0633 Å °0.1035 Å °0.0295 Å °-0.1508 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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