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万見
- PDB-3te8: Crystal structure of risS periplasmic domain at low pH dimer with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3te8
タイトルCrystal structure of risS periplasmic domain at low pH dimer with N-termini ordered
要素Sensor histidine kinase RisS
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / histidine kinase / transmembrane protein / sensor domain / pH sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain superfamily / Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS / : / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain superfamily / Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS / : / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Labiuk, S.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of risS periplasmic domain at low pH dimer with N-termini ordered
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Labiuk, S.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2011年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase RisS
B: Sensor histidine kinase RisS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0832
ポリマ－29,0832
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.060, 56.020, 46.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase RisS


分子量: 14541.345 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP resides 30-151 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_2508, risS / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JRA3, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: BupsA.00863.i.A1 PW25353 at 2327 mg/mL against 10% PEG 1000, 10% PEG 8000, crystal tracking ID 221872c12, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 23338 / Num. obs: 22891 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 29.204 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.09
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.740.4564.538163166197.4
1.74-1.790.3725.588024164097.5
1.79-1.840.2886.967821158798.1
1.84-1.90.2268.147512153098
1.9-1.960.17810.317492153497.9
1.96-2.030.12812.957142146098.1
2.03-2.110.09916.156769138898.2
2.11-2.190.0818.916511134497.8
2.19-2.290.07220.756251130798.4
2.29-2.40.06122.86032125498.8
2.4-2.530.05225.265714119998.6
2.53-2.690.04827.245302111998.8
2.69-2.870.04529.054948105798.6
2.87-3.10.0431.08459399798.9
3.1-3.40.03832.87414090798.8
3.4-3.80.03635.74376782499.2
3.8-4.390.03236.86337373498.8
4.39-5.380.02937.17279562498.6
5.38-7.60.03136.9225449699.6
7.60.02935.6992422982.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 48.28 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.55 Å
Translation3 Å46.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LR0

3lr0


解像度: 1.7→46.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2295 / WRfactor Rwork: 0.1862 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8614 / SU B: 4.536 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1243 / SU Rfree: 0.1228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 1169 5.1 %RANDOM
Rwork0.1815 ---
obs0.1839 22860 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.93 Å2 / Biso mean: 26.0146 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1911 0 0 137 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.9692685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30933263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0135246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.18923.333102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.54515340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3891525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02414
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 79 -
Rwork0.2 1534 -
all-1613 -
obs--97.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8486-0.23653.08150.1083-0.88057.6209-0.1713-0.03840.1005-0.03850.003-0.00620.2725-0.07620.16830.13030.00930.03890.0135-0.03810.164857.004739.471923.5253
25.0864-0.75260.8890.2199-0.55521.85440.0059-0.0033-0.11270.0311-0.07360.0132-0.13970.29510.06770.091-0.0142-0.01380.11810.00650.118929.495830.51216.3501
30.0964-0.22080.22630.6467-0.19741.8550.02390.0005-0.08290.03780.0470.18040.19430.0944-0.07090.11690.02260.00160.05030.01660.148422.379920.450319.7248
40.82990.2359-0.32211.5263-0.31781.141-0.0657-0.0779-0.07180.09430.08140.1434-0.02340.3548-0.01570.0910.0293-0.00880.1420.00340.04632.202425.288627.0416
51.8856-0.850.9731.8724-0.28840.5360.01350.0303-0.0805-0.17010.0932-0.12460.014-0.0031-0.10680.0843-0.0332-0.01980.07780.03460.160554.292120.23473.6577
61.31680.4266-1.14180.1466-0.3760.99540.0427-0.0564-0.00160.0238-0.03330.0231-0.04440.0659-0.00940.08260.00270.00360.0759-0.00830.118324.049633.38917.6168
72.6132.40410.69513.19133.12686.50820.18490.12210.21530.11670.0690.0765-0.0444-0.1101-0.25390.09630.0246-0.01570.04650.01990.138127.062238.8595-0.2482
81.3853-0.38180.82950.8884-1.4792.5088-0.05230.09430.104-0.1028-0.0678-0.06840.14050.09030.12020.09460.0310.01440.06850.00660.085235.880132.8362-3.8128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3A64 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4A94 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5B27 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6B43 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7B77 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8B86 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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