PDB-3tcj: CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tcj

タイトル

CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain of F-plasmid CcdA

要素

CcdB
Protein CcdA

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / ALPHA+BETA SH3 domain intrinsically disordered / TOXIN-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / plasmid maintenance / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aliivibrio fischeri (バクテリア)

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

De Jonge, N. / Loris, R.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Energetic basis of uncoupling folding from binding for an intrinsically disordered protein.
著者: Drobnak, I. / De Jonge, N. / Haesaerts, S. / Vesnaver, G. / Loris, R. / Lah, J.

履歴

登録	2011年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tcj.cif.gz	110.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tcj.ent.gz	86.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tcj_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tcj_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	3tcj_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	3tcj_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jrzS 3g7f 3hpw 3jsc 4ely 4elz S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7cmm-2 6qyf-d 4km6-d 6y4y-4 1sv6-1 6y73-7 1sv6-4 5ump-d 1im8-1 5nnh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CcdB

B: CcdB

T: Protein CcdA

ヘテロ分子

28.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.864, 62.561, 81.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Heterodimer consisting of one CcdB dimer to which one CcdA37-72 fragment is bound. The biological unit corresponds to the asymmetric unit

#1: タンパク質	CcdB 分子量: 11879.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri (バクテリア) 遺伝子: ccdB / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B462 / 参照: UniProt: Q84B82
#2: タンパク質・ペプチド	Protein CcdA / LynA / Protein H / Protein LetA 分子量: 4376.829 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 37-72 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62553
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 8% PEG4000, 0.1M CH3COONa.3H2O, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.8 Å / Num. obs: 18030 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / R_sym value: 0.0452 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JRZ

3jrz

解像度: 1.93→19.47 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Anisotropic B factors / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	914	5.08 %
R_work	0.192	-	-
obs	0.195	17993	96.7 %
all	-	17993	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.99 Å² / k_sol: 0.29 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.2222 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.0082 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.786 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1849	0	4	205	2058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.602	2593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.607	681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9337-2.0355	0.2763	128	0.2277	2187	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0355-2.1629	0.3026	129	0.2095	2339	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1629-2.3296	0.2464	140	0.1957	2355	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3296-2.5636	0.2676	117	0.2018	2468	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5636-2.9335	0.2703	143	0.2066	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9335-3.6918	0.231	136	0.1911	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6918-19.4713	0.2247	121	0.1676	2687	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2509	-0.4019	0.4034	0.6475	-0.8118	0.9539	0.1846	-0.1454	0.0229	0.2969	-0.1707	-0.0852	-0.1741	0.0789	-0	0.1274	0.0045	0.0175	0.1649	0.0464	0.1434	44.8935	55.6952	21.9782
2	0.6742	0.0485	-0.8589	0.5575	-0.4115	1.4962	-0.0543	0.3177	0.177	0.112	-0.0138	-0.0264	-0.026	-0.0118	0.0001	0.1071	0.003	-0.0037	0.0866	0.0192	0.1051	39.515	53.8373	26.9955
3	0.5682	-0.2804	0.5355	1.3958	-1.022	0.7787	0.034	0.2987	-0.169	-0.0032	-0.0599	0.0202	-0.0855	0.1589	-0.0001	0.1206	0.0169	0.0106	0.1723	0.0182	0.1367	45.495	51.0753	29.9684
4	0.2036	0.1785	-0.0129	0.5781	0.048	1.0736	-0.0764	0.0782	-0.2158	-0.0176	-0.0865	-0.0566	0.6575	-0.3189	-0.0007	0.1809	-0.0012	0.0122	0.1012	0.0297	0.1218	38.8532	47.101	30.7383
5	1.3186	0.3664	0.4884	0.8437	1.2194	1.1083	-0.0253	0.0116	0.2393	0.0217	0.0683	-0.1957	-0.163	0.2483	0.0028	0.1093	-0.0222	0.0151	0.0719	0.0164	0.1388	34.6438	66.0989	41.6767
6	-0.0841	-0.0702	-0.022	0.16	0.1108	0.1275	0.2326	1.184	-0.1503	-0.8317	-0.3626	0.9129	0.3152	-0.2157	-0.0048	0.2579	0.0043	-0.0693	0.4741	0.1559	0.3696	17.7686	65.1103	32.76
7	0.6016	-0.2082	0.5538	1.7104	0.2035	1.1862	-0.1232	-0.0211	0.0743	-0.0553	0.1223	0.014	-0.1582	-0.0661	0	0.1398	-0.0033	0.0235	0.1575	0.0029	0.1542	29.1031	66.3614	41.1739
8	0.4299	0.2747	-0.0018	0.5121	0.0179	0.1667	-0.0197	0.0468	0.0273	0.1835	0.0291	-0.0272	0.3386	-0.2389	0.0001	0.1202	-0.0139	0.0129	0.1077	0.0342	0.1346	25.8152	54.0055	40.8676
9	-0.0081	0.0517	0.0438	0.1497	0.0247	0.1785	-0.0221	1.1865	-0.92	-0.2025	0.1619	0.8023	0.1667	0.1528	-0.001	0.2543	-0.0626	-0.0169	0.4932	-0.0928	0.3173	16.0113	50.1352	22.5867
10	0.0841	-0.0077	-0.0225	0.0731	-0.1895	0.042	0.0171	0.3371	-0.6072	-0.7199	0.3742	0.1689	-0.6036	0.5716	-0.0014	0.4604	-0.1176	-0.0143	0.3484	0.0391	0.2892	19.3874	61.9933	23.5829
11	0.0395	-0.0158	0.0164	0.0051	-0.0065	0.0202	-0.0837	0.116	-0.2886	0.5156	-0.1992	0.3481	-0.2608	-0.1055	0	0.8952	-0.3305	0.0093	0.4239	0.1655	0.3297	25.9213	71.712	26.1644
12	-0.003	0.0816	-0.152	0.0258	-0.0035	0.0497	0.4096	-0.1485	-0.6568	-1.5195	0.0394	-1.3948	0.2901	1.6056	0.0004	0.4848	-0.0053	0.2044	0.49	0.0147	0.5319	38.9205	66.8106	30.4333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:48)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 49:79)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 80:105)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 2:42)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 43:53)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 54:86)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 87:105)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain T and resid 40:47)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain T and resid 48:57)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain T and resid 58:63)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain T and resid 64:72)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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