PDB-3tal: Crystal structure of NurA with manganese

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tal

タイトル

Crystal structure of NurA with manganese

要素

DNA double-strand break repair protein nurA

キーワード

HYDROLASE / Recombination

機能・相同性

機能・相同性情報

exonuclease activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Chae, J. / Kim, Y.C. / Cho, Y.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the NurA-dAMP-Mn2+ complex
著者: Chae, J. / Kim, Y.C. / Cho, Y.

履歴

登録	2011年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tal.cif.gz	354.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tal.ent.gz	306.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tal_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tal_full_validation.pdf.gz	540.9 KB	表示
XML形式データ	3tal_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	3tal_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3tal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3tal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3taiC 3tazC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3taz-d 3tai-d 4fm0-d 4fly-d 4flt-d 5aga-d 5a9f-d 2hln-3 3fvq-d 2wc0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA double-strand break repair protein nurA

B: DNA double-strand break repair protein nurA

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.803, 114.654, 121.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA double-strand break repair protein nurA / Putative uncharacterized protein 分子量: 54278.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1168 / プラスミド: pET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1N8
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 21% PEG 400, 0.1M Tris-HCl , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月9日
放射	モノクロメーター: Si 4-crystal channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 16937 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 97.95 Å²
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.15→29.478 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2853	1584	10.08 %	RANDOM
R_work	0.2181	-	-	-
obs	0.225	15717	96.76 %	-
all	-	16214	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 98.987 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.7641 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.4454 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3187 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→29.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6831	0	10	20	6861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.296	9373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.566	2686
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	1079
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1178

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.1501-3.2516	0.436	129	0.3235	1150	89
3.2516-3.3677	0.4082	135	0.2629	1233	93
3.3677-3.5023	0.3227	141	0.2204	1212	95
3.5023-3.6614	0.3017	148	0.2277	1289	97
3.6614-3.8541	0.3372	147	0.2263	1256	97
3.8541-4.095	0.304	139	0.2021	1296	98
4.095-4.4102	0.2276	147	0.1921	1298	98
4.4102-4.8522	0.275	140	0.1848	1313	100
4.8522-5.5503	0.3307	142	0.22	1337	99
5.5503-6.9774	0.3289	154	0.2682	1343	100
6.9774-29.479	0.222	162	0.2022	1406	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6196	0.3361	-0.3176	-0.0151	-0.1489	3.9392	-0.1395	0.1294	-0.042	0.1491	-0.0986	-0.1211	0.0431	-0.0522	-0.047	0.3887	0.0727	0.0245	0.1563	-0.0283	0.3132	53.125	58.2773	78.4767
2	1.3595	-0.3422	-0.3237	1.2688	0.7705	3.2974	0.0157	-0.2634	0.1943	0.1455	-0.076	0.0914	-0.509	0.302	0.0177	0.4979	-0.0955	-0.031	0.467	-0.1633	0.4697	59.488	71.1037	104.091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:439)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 5:440)

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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