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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t8t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus aureus CymR oxidized form | ||||||
要素 | Staphylococcus aureus CymR (oxidized form) | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Transcriptional regulator protein / Dimer / sulfenic acid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å | ||||||
データ登録者 | He, C. / Ji, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Staphylococcus aureus CymR Is a New Thiol-based Oxidation-sensing Regulator of Stress Resistance and Oxidative Response. 著者: Ji, Q. / Zhang, L. / Sun, F. / Deng, X. / Liang, H. / Bae, T. / He, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t8t.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t8t.ent.gz | 25.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3t8t_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3t8t_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3t8t_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3t8t_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15948.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99TM3, UniProt: A0A0H3JRR0*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 12% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.752→19.138 Å / Num. all: 13422 / Num. obs: 13355 |
反射 シェル | 解像度: 1.752→1.81 Å / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.752→19.138 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.098 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.752→19.138 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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