PDB-3t7c: Crystal structure of carveol dehydrogenase from Mycobacterium avi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t7c

タイトル

Crystal structure of carveol dehydrogenase from Mycobacterium avium bound to NAD

要素

Carveol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / MAV_1393 / (+)-trans-carveol dehydrogenase / nicotinamide adenine dinucleotide / NAD / (+)-(S)-carvone / ortholog

機能・相同性

機能・相同性情報

(+)-trans-carveol dehydrogenase / (+)-trans-carveol dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Mycofactocin-associated mycobacterial dehydrogenases with non-exchangeable NAD cofactors.
著者: Haft, D.H. / Pierce, P.G. / Mayclin, S.J. / Sullivan, A. / Gardberg, A.S. / Abendroth, J. / Begley, D.W. / Phan, I.Q. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Marathias, V.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2011年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t7c.cif.gz	427.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t7c.ent.gz	350.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t7c_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t7c_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3t7c_validation.xml.gz	46.3 KB	表示
CIF形式データ	3t7c_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/3t7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oecSC 3pgxC 3pxxC 3s55C 3sx2C 3tscC 4rgbC 5ej2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uve-d 5ej2-2 3tl3-1 5ej2-1 3oec-d 3vdr-d 3ai2-2 5yss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyavA.01326.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carveol dehydrogenase

B: Carveol dehydrogenase

C: Carveol dehydrogenase

D: Carveol dehydrogenase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.550, 108.410, 148.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carveol dehydrogenase 分子量: 32213.947 Da / 分子数: 4 / 変異: K230Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_1393 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0QCJ8, UniProt: A0A0H2ZWY3*PLUS, (+)-trans-carveol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MyavA.01326.e.A1 PS00804 at 43.4 mg/mL against JCSG+ H3 25% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 5.5, crystal tracking ID 218190h3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日 / 詳細: DCM

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 82420 / Num. obs: 79986 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.586 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.78

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.95-2		3.7	0.48	3.84	22255	6017	5950	98.9
2-2.06			0.404	4.66	21948		5810	98.9
2.06-2.12			0.337	5.61	21256		5637	98.5
2.12-2.18			0.315	6.57	20890		5462	98.2
2.18-2.25			0.282	7.12	20176		5264	97.9
2.25-2.33			0.238	8.15	20202		5116	98.4
2.33-2.42			0.192	9.78	20036		4975	98.4
2.42-2.52			0.185	10.42	19563		4776	98.1
2.52-2.63			0.162	11.56	18886		4552	98
2.63-2.76			0.136	13.88	18226		4322	97.4
2.76-2.91			0.124	15.3	17889		4155	97.2
2.91-3.08			0.097	17.99	16834		3905	96.8
3.08-3.3			0.077	21.03	15890		3659	96.3
3.3-3.56			0.06	24.62	14639		3400	95.7
3.56-3.9			0.051	27.88	13603		3123	95
3.9-4.36			0.043	30.67	12447		2823	94.9
4.36-5.03			0.04	32.43	11139		2485	93.9
5.03-6.17			0.04	29.86	9659		2100	92.8
6.17-8.72			0.031	32.2	7536		1630	91.3
	8.72		0.026	36.46	3747		842	80.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.2 Å	19.94 Å
Translation	3.2 Å	19.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3OEC

3oec

解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.1806 / WR_factor R_work: 0.148 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8873 / SU B: 6.311 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1544 / SU R_free: 0.1358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1954	3999	5 %	RANDOM
R_work	0.1602	-	-	-
obs	0.162	79771	96.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.98 Å² / B_iso mean: 21.3268 Å² / B_iso min: 10.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8232	0	176	585	8993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.995	11831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.873	5	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.196	23.125	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.003	15	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.127	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6507

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	250	-
R_work	0.198	5376	-
all	-	5626	-
obs	-	-	98.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3457	-0.0773	-0.0603	0.268	-0.0266	0.3989	-0.0629	-0.0514	0.0051	0.0392	0.0377	-0.0238	0.0306	0	0.0252	0.0258	0.0024	-0.0114	0.0225	0.0026	0.0141	19.6237	-13.4512	-5.6397
2	0.4649	-0.0436	0.0519	0.1736	-0.1167	0.3226	-0.0018	0.1258	0.0353	-0.0025	-0.0202	0.0045	-0.0122	0.0035	0.0221	0.0422	-0.0023	-0.0091	0.0415	0.0194	0.0286	-5.222	4.6982	-36.5466
3	0.4384	-0.1011	0.044	0.3176	0.0714	0.3393	-0.0587	-0.0748	0.1033	0.0493	0.0268	0.0248	-0.03	-0.015	0.0319	0.0297	0.0118	-0.014	0.0173	-0.0213	0.0414	-3.768	7.5866	-3.815
4	0.5304	-0.0102	0.0639	0.0756	-0.0343	0.5352	-0.0067	0.122	0.069	-0.0236	0.0132	-0.044	-0.0628	0.0875	-0.0065	0.0268	-0.0247	0.0138	0.0556	0.0113	0.0428	26.1055	-0.0827	-34.981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 278
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	279
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	280 - 585
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	279
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	280 - 578
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 278
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	279
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	280 - 582
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 278
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	279
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	280 - 584

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