PDB-3t6p: IAP antagonist-induced conformational change in cIAP1 promotes E3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t6p

タイトル

IAP antagonist-induced conformational change in cIAP1 promotes E3 ligase activation via dimerization

要素

Baculoviral IAP repeat-containing protein 2

キーワード

APOPTOSIS / RING / BIR / CARD / UBA / E3 / ubiquitin ligase / SMAC/DIABLO / ubiquitin / caspase / IAP family / SMAC mimetic

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / CD40 receptor complex / XY body / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of protein monoubiquitination / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to cAMP / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / ubiquitin binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / placenta development / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein-folding chaperone binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / transferase activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / response to hypoxia / Ub-specific processing proteases / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.897 Å

データ登録者

Dueber, E.C. / Schoeffler, A.J. / Lingel, A. / Elliott, M. / Fedorova, A.V. / Giannetti, A.M. / Zobel, K. / Maurer, B. / Varfolomeev, E. / Wu, P. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Antagonists induce a conformational change in cIAP1 that promotes autoubiquitination.
著者: Dueber, E.C. / Schoeffler, A.J. / Lingel, A. / Elliott, J.M. / Fedorova, A.V. / Giannetti, A.M. / Zobel, K. / Maurer, B. / Varfolomeev, E. / Wu, P. / Wallweber, H.J. / Hymowitz, S.G. / ...

履歴

登録	2011年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t6p.cif.gz	152.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t6p.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t6p_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t6p_full_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示
XML形式データ	3t6p_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	3t6p_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e2l-2 6o0a-d 4xyg-d 4l2c-1 2pnw-d 4jfg-2 2mv0-d 4zpu-1 1lx7-d 1w9h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (16)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
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アポトソーム (Apoptosomes)
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類似性 (5)
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レグマイン (Legumain)
類似性 (5)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2

ヘテロ分子

39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.971, 85.432, 106.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger ...C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2 分子量: 39277.156 Da / 分子数: 1 断片: BIR3-RING, UNP residues 265-618 with a deletion of S363-D372 変異: F378Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API1, BIRC2, IAP2, MIHB, RNF48 / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13490
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200 mM lithium chloride, 100 mM Tris pH 8, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 23.74 / 数: 164946 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.06 / D res high: 2.2 Å / D res low: 70 Å / Num. obs: 33419 / % possible obs: 98.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	70	95.6	1	0.056	1.035	5.2
3.76	4.74	98	1	0.067	1.048	5.1
3.29	3.76	98.6	1	0.069	1.083	5.1
2.99	3.29	99	1	0.08	1.099	5
2.77	2.99	99	1	0.097	1.042	5
2.61	2.77	99.4	1	0.117	1.085	4.9
2.48	2.61	99.3	1	0.14	1.087	4.9
2.37	2.48	99.4	1	0.177	1.088	4.8
2.28	2.37	99.5	1	0.216	1.047	4.8
2.2	2.28	99.6	1	0.281	1.018	4.6

反射

解像度: 1.897→50 Å / Num. obs: 27890 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.897-1.97	4.8	0.532	2729	1	1	99.9
1.97-2.05	4.9	0.364	2720	1.034	1	98.6
2.05-2.14	4.9	0.261	2716	1.064	1	99
2.14-2.25	4.9	0.185	2755	1.039	1	99.3
2.25-2.39	4.9	0.145	2765	1.035	1	99.5
2.39-2.58	4.9	0.109	2747	1.068	1	99.7
2.58-2.84	4.9	0.089	2799	1.044	1	99.8
2.84-3.25	4.9	0.069	2813	1.043	1	99.8
3.25-4.09	4.8	0.045	2854	1.023	1	100
4.09-50	4.5	0.035	2992	1.093	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.2 Å / D res low: 66.64 Å / FOM : 0.427 / FOM acentric: 0.479 / FOM centric: 0.171 / 反射: 17676 / Reflection acentric: 14896 / Reflection centric: 2263

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.13-12.79	0.432	0.566	0.188	180	116	64
7.48-9.13	0.499	0.629	0.165	211	152	59
6.49-7.48	0.593	0.694	0.269	253	193	60
5.81-6.49	0.549	0.646	0.215	289	224	65
5.31-5.81	0.542	0.638	0.183	301	237	61
4.91-5.31	0.51	0.585	0.183	333	271	60
4.6-4.91	0.43	0.501	0.13	365	296	68
4.34-4.6	0.408	0.468	0.112	376	313	62
4.11-4.34	0.426	0.486	0.13	404	337	64
3.92-4.11	0.433	0.501	0.085	427	358	66
3.76-3.92	0.426	0.481	0.132	443	374	68
3.61-3.76	0.408	0.461	0.111	461	392	66
3.48-3.61	0.456	0.507	0.121	463	402	60
3.36-3.48	0.462	0.516	0.155	498	424	73
3.26-3.36	0.444	0.489	0.128	512	448	63
3.16-3.26	0.459	0.501	0.177	519	453	65
3.07-3.16	0.477	0.527	0.181	545	469	69
2.99-3.07	0.472	0.522	0.143	563	491	66
2.91-2.99	0.479	0.533	0.15	543	470	64
2.84-2.91	0.478	0.527	0.159	589	513	68
2.78-2.84	0.451	0.494	0.171	599	521	67
2.72-2.78	0.458	0.51	0.174	606	520	66
2.66-2.72	0.419	0.469	0.192	625	522	74
2.61-2.66	0.443	0.483	0.175	639	561	64
2.55-2.61	0.43	0.477	0.174	639	547	67
2.51-2.55	0.422	0.466	0.173	644	554	67
2.46-2.51	0.423	0.467	0.186	671	576	66
2.42-2.46	0.392	0.435	0.163	682	586	65
2.38-2.42	0.386	0.422	0.262	662	565	53
2.34-2.38	0.374	0.422	0.168	702	586	71
2.3-2.34	0.367	0.403	0.212	728	619	68
2.27-2.3	0.361	0.397	0.234	689	584	54
2.23-2.27	0.313	0.346	0.166	701	594	66
2.2-2.23	0.307	0.341	0.217	708	578	68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.897→32.778 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8313 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2328	1344	4.98 %	Random
R_work	0.1907	-	-	-
obs	0.1928	26966	95.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.523 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.06 Å² / B_iso mean: 40.4696 Å² / B_iso min: 20.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7496 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.1409 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.3913 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.897→32.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2635	0	3	184	2822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.954	3652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	411
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.484	1052

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8971-1.9649	0.3344	112	0.2616	2081	2193	80
1.9649-2.0436	0.2859	124	0.2317	2411	2535	91
2.0436-2.1366	0.278	134	0.1998	2492	2626	94
2.1366-2.2492	0.2478	131	0.1929	2549	2680	96
2.2492-2.3901	0.2805	131	0.1946	2573	2704	97
2.3901-2.5746	0.2628	138	0.2007	2623	2761	99
2.5746-2.8335	0.2798	138	0.2065	2638	2776	99
2.8335-3.2432	0.2487	142	0.2089	2687	2829	100
3.2432-4.0849	0.2181	144	0.191	2726	2870	100
4.0849-32.7831	0.1856	150	0.1638	2842	2992	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7641	1.2473	-0.4258	1.7345	-0.4162	3.2899	-0.0493	0.201	-0.0082	-0.0272	0.1007	0.0217	0.0006	-0.2131	-0	0.151	0.0312	0.0148	0.1435	0.0085	0.1572	5.2199	65.8381	79.3491
2	1.8622	0.9621	0.5515	1.5335	-0.7546	1.8115	0.0794	-0.175	-0.2025	-0.0854	-0.0403	-0.1962	0.1903	0.0482	-0	0.3326	-0.0088	0.0149	0.2882	0.0165	0.2897	20.412	54.745	92.6357
3	0.1153	0.1719	0.0808	0.2494	0.1186	0.0704	-0.2602	0.7499	-0.2566	0.0675	-0.1724	0.8167	0.2948	0.2506	-0	0.4997	-0.0818	-0.0226	0.3293	-0.0164	0.3478	8.5036	41.6037	87.1574
4	0.1662	0.0966	-0.1507	0.3087	0.0674	0.2265	-0.0411	-0.4145	-0.446	0.2259	-0.1586	0.1585	0.2553	-0.3859	0	0.3161	0.0276	-0.0001	0.4461	-0.002	0.2673	16.8937	34.5577	70.6423
5	1.1492	0.5829	0.4266	1.7572	0.2912	1.2648	0.0567	0.1021	-0.0493	-0.2853	-0.0399	-0.0076	0.1222	0.0836	-0	0.2876	0.0345	0.0358	0.2616	-0.0091	0.2708	15.4946	39.9293	55.5717
6	0.4473	-0.0595	-0.2828	0.3443	-0.2243	0.3795	-0.2199	0.5967	-0.437	-0.4426	-0.4712	-0.643	0.1438	0.7599	0	0.3211	0.0851	0.05	0.451	0.0159	0.398	28.3972	30.8752	59.3313
7	-0.0002	-0.0013	-0.0001	0.0355	0.0197	0.0083	0.0551	-0.1494	0.8678	-0.4752	-0.2534	-0.665	-0.3005	0.1321	-0	0.4418	-0.026	0.0114	0.7501	-0.0048	0.7675	32.0188	51.2619	63.017
8	2.2846	-0.1585	0.4931	2.186	1.9255	2.4135	-0.1502	-0.0843	0.1832	-0.0868	0.0017	0.151	-0.0363	0.0624	0	0.2502	0.0094	0.0021	0.2209	-0.0044	0.2527	11.8441	54.3957	65.5001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 264:362)	A	264 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 386:435)	A	386 - 435
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 436:450)	A	436 - 450
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 451:463)	A	451 - 463
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 464:527)	A	464 - 527
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 528:544)	A	528 - 544
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 545:555)	A	545 - 555
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 556:616)	A	556 - 616

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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