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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t6o | ||||||
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タイトル | The Structure of an Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain protein from Planctomyces limnophilus. | ||||||
![]() | Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS / anti sigma factor / regulatory phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | STAS domain / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Moser, C. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of an Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain protein from Planctomyces limnophilus. 著者: Cuff, M.E. / Moser, C. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13757.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_2399 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8M LiCl2, 0.1 Tris:HCl pH8.5, 32% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 27534 / Num. obs: 27534 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.955 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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