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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t61 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a gluconokinase from Sinorhizobium meliloti 1021 | ||||||
要素 | Gluconokinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PSI-BIOLOGY / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Alpha/Beta / gluconokinase / Kinase / Gluconic acid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gluconokinase / gluconokinase activity / D-gluconate catabolic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sinorhizobium meliloti (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a gluconokinase from Sinorhizobium meliloti 1021 著者: Kumaran, D. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t61.cif.gz | 79.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t61.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3t61_validation.pdf.gz | 450.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3t61_full_validation.pdf.gz | 455.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3t61_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3t61_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22654.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: gntK, RB0698, SM_b21119 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: Q92VK3, gluconokinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2M Ammonium Phosphate Monobasic, 0.1 M Tris, 2% sucrose, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 27740 / Num. obs: 27740 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2284 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 169839.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Extra density near the phosphate ion is not modeled.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2911 Å2 / ksol: 0.343718 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.68 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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