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- PDB-3t5v: Sac3:Thp1:Sem1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t5v
タイトルSac3:Thp1:Sem1 complex
要素
  • 26S proteasome complex subunit SEM1
  • Nuclear mRNA export protein SAC3
  • Nuclear mRNA export protein THP1
キーワードTRANSCRIPTION / PCI / mRNA nuclear export / mRNA / nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament-based process / cellular bud site selection / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear mRNA surveillance / nuclear pore cytoplasmic filaments / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / proteasome regulatory particle, lid subcomplex ...actin filament-based process / cellular bud site selection / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear mRNA surveillance / nuclear pore cytoplasmic filaments / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / mRNA 3'-end processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / proteasome storage granule / proteasome assembly / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / protein folding chaperone / protein export from nucleus / proteasome complex / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear envelope / mitotic cell cycle / double-stranded DNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1210 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / Csn12 family / Nuclear mRNA export protein Sac3 / SAC3 helical domain / Leucine permease transcriptional regulator helical domain / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / DSS1/SEM1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1210 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / Csn12 family / Nuclear mRNA export protein Sac3 / SAC3 helical domain / Leucine permease transcriptional regulator helical domain / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / PCI/PINT associated module / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Special / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome complex subunit SEM1 / Nuclear mRNA export protein SAC3 / Nuclear mRNA export protein THP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stewart, M. / Ellisdon, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the assembly and nucleic acid binding of the TREX-2 transcription-export complex.
著者: Ellisdon, A.M. / Dimitrova, L. / Hurt, E. / Stewart, M.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear mRNA export protein SAC3
B: Nuclear mRNA export protein THP1
C: 26S proteasome complex subunit SEM1
D: Nuclear mRNA export protein SAC3
E: Nuclear mRNA export protein THP1
F: 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,1536
ポリマ－200,1536
非ポリマー00
水00
1
A: Nuclear mRNA export protein SAC3
B: Nuclear mRNA export protein THP1
C: 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0763
ポリマ－100,0763
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10380 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area35590 Å2
手法PISA
2
D: Nuclear mRNA export protein SAC3
E: Nuclear mRNA export protein THP1
F: 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0763
ポリマ－100,0763
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area35240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.770, 164.770, 276.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear mRNA export protein SAC3 / Leucine permease transcriptional regulator


分子量: 36944.461 Da / 分子数: 2 / 断片: M region, UNP 250-563 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: LEP1, SAC3, YD8358.13, YDR159W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46674
#2: タンパク質 Nuclear mRNA export protein THP1 / Bud site selection protein 29


分子量: 52734.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BUD29, O1140, THP1, YOL072W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08231
#3: タンパク質 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量: 10397.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DSH1, SEM1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 84626 / Num. obs: 84626 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 28.693 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23089 4224 5 %RANDOM
Rwork0.20836 ---
obs0.2095 80336 99.59 %-
all-84626 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.991 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13175 0 0 0 13175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01913475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.029186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9081.95618265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.191322395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.92851589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.15724.419688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.632152414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.721584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.22035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 258 -
Rwork0.332 5363 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7-0.28210.6191.89691.19012.5510.0890.02230.10380.03930.18830.32370.208-0.1052-0.27730.2737-0.0178-0.09210.17280.03510.4185-5.8656-18.7565-33.8552
20.255-0.00680.3680.6919-0.01191.14670.0079-0.11210.1269-0.06210.02540.14440.33220.1034-0.03330.34820.0507-0.05280.2652-0.06160.361510.6906-30.4986-24.3798
32.45990.2173-0.39891.14370.05161.32080.0404-0.43020.27540.02330.07720.03460.13240.1273-0.11760.21390.05-0.01650.4493-0.17670.284520.067-17.2021-2.9021
41.29341.4283-0.55723.1299-0.74260.8015-0.0194-0.06980.2303-0.3070.1861-0.1181-0.16940.2504-0.16670.2479-0.02510.01780.3133-0.07320.43529.4603-14.1736-27.4837
50.92970.0398-0.57481.4991-0.23693.4397-0.2086-0.0085-0.12360.00080.05050.26370.1889-0.63260.15810.4903-0.14910.07170.248-0.03560.2286-13.2115-69.2596-32.6852
62.06681.2842-0.38580.92870.20771.8328-0.1243-0.1757-0.05380.104-0.0695-0.04390.66640.03720.19380.72630.14380.02350.10680.0040.205812.7837-60.0564-18.0285
71.2090.2885-0.12510.79870.07560.2199-0.0726-0.28770.0074-0.08520.0337-0.12690.2460.23310.03890.3960.2272-0.02030.4261-0.03480.256332.4917-36.4039-15.1355
84.981911.8738-6.771529.7783-16.57779.33460.5368-0.1214-0.37430.573-1.0284-0.8102-0.53150.39180.49160.86160.1648-0.06210.5477-0.00270.41098.5882-58.7051-4.5997
95.23350.79485.19343.08212.5076.17250.0516-0.0105-0.17850.2384-0.40510.91980.3481-0.16950.35350.96010.19070.15760.1944-0.05130.336610.4149-58.3395-31.3969
100.96221.34483.42112.03515.042812.63060.2684-0.44130.0633-0.0092-0.62030.08490.2909-1.51990.35191.04920.01350.01610.57780.32680.582228.225-62.9919-9.6435
110.0099-0.0542-0.06060.37510.42920.4991-0.00090.0080.0366-0.0574-0.0075-0.0259-0.02760.03120.00850.32710.1143-0.02480.65490.10770.573941.5963-49.8573-12.8225
122.94755.6733-2.594924.31950.8264.8962-0.0068-0.376-0.04330.74710.3423-0.52160.28840.9536-0.33550.13220.20510.00970.6056-0.11270.446949.5966-32.7476-16.6401
131.0455-0.1732-1.04653.0651-1.7422.2788-0.14240.03580.05780.00160.0802-0.17450.0507-0.11140.06230.62020.00220.0130.0699-0.02410.2182-0.8264-103.8509-75.2073
143.74970.1573-0.44370.51110.83621.9427-0.27380.19510.2421-0.00410.1547-0.1186-0.08250.29950.11910.6025-0.0039-0.04260.06880.04160.3633-0.7188-103.3405-59.0316
150.66760.0670.16441.2945-0.38370.3525-0.223-0.0116-0.22550.0690.0145-0.1608-0.1702-0.01270.20850.4780.06290.08870.12610.0370.3856-1.0772-124.9607-50.9712
162.1049-0.3061.61180.9323-0.39482.347-0.13410.1063-0.1028-0.1759-0.0373-0.16620.0218-0.09180.17140.51090.00950.0960.1029-0.00580.2596-2.6943-120.3662-64.8028
171.46990.64410.24221.5432-0.10231.42010.10240.0245-0.0561-0.075-0.1315-0.1309-0.02870.26480.02910.4811-0.0852-0.03140.16670.03540.246914.2736-67.9927-47.4399
181.61760.3797-0.02232.8435-0.17220.3545-0.018-0.11870.09740.0598-0.1108-0.39270.14690.22940.12880.62940.0556-0.19430.16540.06060.307813.6135-92.3587-33.4476
190.50320.7014-0.10361.1168-0.13570.7504-0.0165-0.1607-0.10850.1751-0.1219-0.0478-0.1527-0.0550.13840.57170.14240.00670.18780.05760.2335-8.1736-117.1453-31.5247
2015.06250.6907-0.60970.0449-0.01940.1486-0.3667-0.4413-0.3763-0.07640.04850.0038-0.1953-0.04830.31831.01640.1119-0.36620.5526-0.08180.771318.7081-103.081-29.1496
216.553211.51823.698824.427815.190520.76070.0513-0.08720.5183-0.5509-0.37170.6675-0.9788-0.57320.32040.65430.02970.03110.0159-0.00550.55492.27-86.391-31.0738
223.7654-1.0975-0.29860.33260.08360.03580.1102-0.2650.74-0.0442-0.0014-0.2284-0.06410.0423-0.10881.1446-0.1027-0.14250.47170.08950.5875.8519-102.0765-15.3419
230.0264-0.17640.04641.6663-0.48840.16130.04560.01460.0020.1344-0.1917-0.1977-0.05350.03540.14610.5123-0.028-0.01750.4846-0.03370.4539-8.2492-116.3786-17.3177
245.77332.21-1.454514.83059.0727.0162-0.0895-0.2173-0.14891.0975-0.07660.23760.68980.08660.1660.5580.07570.10280.30590.04320.1452-22.008-131.0268-26.5412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A253 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2A330 - 458
3X-RAY DIFFRACTION3A459 - 520
4X-RAY DIFFRACTION4A521 - 551
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6B168 - 303
7X-RAY DIFFRACTION7B304 - 449
8X-RAY DIFFRACTION8B450 - 455
9X-RAY DIFFRACTION9C23 - 42
10X-RAY DIFFRACTION10C53 - 63
11X-RAY DIFFRACTION11C64 - 71
12X-RAY DIFFRACTION12C72 - 89
13X-RAY DIFFRACTION13D253 - 326
14X-RAY DIFFRACTION14D327 - 385
15X-RAY DIFFRACTION15D386 - 513
16X-RAY DIFFRACTION16D514 - 550
17X-RAY DIFFRACTION17E2 - 149
18X-RAY DIFFRACTION18E150 - 262
19X-RAY DIFFRACTION19E263 - 448
20X-RAY DIFFRACTION20E449 - 455
21X-RAY DIFFRACTION21F30 - 40
22X-RAY DIFFRACTION22F53 - 60
23X-RAY DIFFRACTION23F61 - 71
24X-RAY DIFFRACTION24F72 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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