PDB-3t5t: Vall from streptomyces hygroscopicus in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t5t

タイトル

Vall from streptomyces hygroscopicus in apo form

要素

Putative glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / GTB fold / Pseudoglycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

validamine 7-phosphate valienyltransferase / trehalose metabolism in response to stress / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / cellular response to heat / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, H. / Zheng, L. / Qian, H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for the substrate specificity of ValL
著者: Zhang, H. / Zheng, L. / Qian, H.

履歴

登録	2011年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t5t.cif.gz	380.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t5t.ent.gz	309.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t7dSC 3t5r PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hwf-d 7c9s-d 4q4x-d 1aym-d 1qjy-d 4f9f-3 1qju-d 1b8a-d 2bxr-d 5o5p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative glycosyltransferase

B: Putative glycosyltransferase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.671, 46.693, 123.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	HIS	HIS	A	A	5 - 87	4 - 86
2	1	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	5 - 87	4 - 86
1	2	LEU	LEU	THR	THR	A	A	103 - 116	102 - 115
2	2	LEU	LEU	THR	THR	B	B	103 - 116	102 - 115
1	3	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	118 - 264	117 - 263
2	3	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	118 - 264	117 - 263
1	4	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	270 - 439	269 - 438
2	4	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	270 - 439	269 - 438
1	5	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	442 - 477	441 - 476
2	5	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	442 - 477	441 - 476

#1: タンパク質	Putative glycosyltransferase / validoxylamine A 7-phosphate synthase 分子量: 54875.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 株: limoneus / 遺伝子: vldE / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta / 参照: UniProt: Q15JG1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器	日付: 2011年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40.965 Å / Num. obs: 90507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CNS		精密化
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T7D

3t7d

解像度: 1.7→40.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 4.3 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20921	4761	5 %	RANDOM
R_work	0.17912	-	-	-
obs	0.18061	90507	97.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7387	0	18	828	8233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	7560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.221	1.938	10301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.544	5	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.831	22.737	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.443	15	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.662	15	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.576	1.5	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.121	2	7547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.983	3	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.279	4.5	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3521 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.27	0.5
medium thermal	0.81	2

LS精密化シェル

解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	291	-
R_work	0.22	5308	-
obs	-	-	78.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6303	0.0061	0.1659	0.2205	-0.0583	0.1966	0.0323	0.1865	0.0231	-0.0444	-0.0222	-0.0283	0.0316	0.0815	-0.0101	0.0445	0.0293	0.0115	0.0868	0.0081	0.0446	24.837	13.529	16.554
2	0.4513	-0.07	0.1263	0.1656	-0.0146	0.3646	0.0117	-0.0435	-0.0147	0.0099	0.0041	0.0439	0.0189	-0.0343	-0.0158	0.0356	-0.0032	0.0012	0.006	0.0011	0.0586	-4.596	11.051	41.701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 478
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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