PDB-3t5s: Structure of macrophage migration inhibitory factor from Giardia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t5s

タイトル

Structure of macrophage migration inhibitory factor from Giardia lamblia

要素

Macrophage migration inhibitory factor

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia lamblia (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a macrophage migration inhibitory factor from Giardia lamblia.
著者: Buchko, G.W. / Abendroth, J. / Robinson, H. / Zhang, Y. / Hewitt, S.N. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.

履歴

登録	2011年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t5s.cif.gz	49.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t5s.ent.gz	35.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t5s_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t5s_full_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示
XML形式データ	3t5s_validation.xml.gz	5.7 KB	表示
CIF形式データ	3t5s_validation.cif.gz	6.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2co0-2 4gm3-5 3iip-3 6yon-1 5zrq-d 6pg9-1 4hgx-2 4gm3-6 3aam-d 6yon-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GilaA.00834.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

A: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

A: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.550, 95.550, 95.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-123- HOH

#1: タンパク質	Macrophage migration inhibitory factor / GILAA.00834.A 分子量: 14669.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia lamblia (真核生物) / 株: ATCC 50803 / 遺伝子: GL50803_12091 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8BFP4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: EMERALD BIOSYSTEMS PRECIPITANT SYNERGY 15: 2 M LITHIUM SULFATE, 5% ISOPROPANOL, 0.1 M ACETATE PH 4.5, 0.1 M MGSO4; GILAA.00834.A.A1 AT 4 MG/ML, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	1.54
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	0.97934

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2011年4月15日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2011年6月30日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	0.97934	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 6597 / Num. obs: 6594 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 70.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 33.86

反射シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 494 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 14.714 / SU ML: 0.169 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	298	4.5 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
all	0.223	6597	-	-
obs	0.223	6569	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	685	0	6	10	701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	702
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.951	956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.439	5	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.847	23.75	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.066	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.817	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	148

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	23	-
R_work	0.444	422	-
obs	-	494	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4171	-0.8312	2.2166	1.6873	0.4219	3.4556	0.1466	-0.1233	-0.2733	-0.0027	-0.0381	0.3346	0.5771	-0.0966	-0.1086	0.4194	-0.0114	-0.0666	0.2152	0.0223	0.3814	-23.411	20.158	12.695
2	2.811	0.2943	2.2952	3.3745	-1.8432	7.0367	0.4945	0.1615	-0.7132	-0.037	0.0011	0.1153	1.3075	0.1204	-0.4956	0.677	-0.0092	-0.1194	0.1017	0.0096	0.4333	-20.559	11.852	13.779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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