ソフトウェア 名称 バージョン 分類 GDAデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.5.0072精密化 XDSデータ削減 SCALAデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 1KF1解像度 : 2.1→10.2 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.945 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.935 / SU B : 9.672 / SU ML : 0.134 / Isotropic thermal model : Isotropic plus TLS / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.223 / ESU R Free : 0.196 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.28158 262 4.7 % RANDOM Rwork 0.24286 - - - all 0.24474 5372 - - obs 0.24474 5372 100 % -
原子変位パラメータ Biso mean : 40.688 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.12 Å2 -0.06 Å2 0 Å2 2- - -0.12 Å2 0 Å2 3- - - 0.19 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→10.2 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 465 69 38 572
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.021 597 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.622 2.999 914 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.055 0.2 87 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 272 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.465 3 597 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.359 4.5 914
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.448 15 - Rwork 0.385 373 - obs - - 100 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0016 -0.0006 0.0001 0.0002 -0.0001 0 -0.4401 -0.5931 0.9488 0.2709 0.2411 0.0693 -0.7166 -0.557 0.1989 0.1236 0 0 0.1236 0 0.1236 -32.034 7.3756 -4.6732 2 0.0383 -0.087 -0.6211 0.1979 1.4122 10.0792 -0.0118 -0.3085 0.1188 0.3177 0.0804 -0.1556 0.0824 0.2819 -0.0685 0.1108 -0.0017 -0.0013 0.1122 0.0032 0.1354 -26.0653 1.0155 1.5139 3 1.1106 -3.0983 0.0671 8.6439 -0.1872 0.0041 0.0152 0.2214 -0.2858 -0.2446 0.0211 -0.6145 0.382 0.5307 -0.0364 0.1983 -0.0062 -0.0014 0.2132 -0.0009 0.1955 -17.7297 -5.6219 -11.1316 4 2.2129 0.8673 0.4796 0.5016 -0.8601 6.896 0.0808 0.3244 0.0534 -0.4719 -0.0705 -0.0607 -0.1696 0.0329 -0.0103 0.1063 -0.0068 -0.0004 0.1076 0.0017 0.1394 -28.6497 4.6698 -17.9263
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 4 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A5 - 9 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A10 - 13 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A14 - 22