[日本語] English
万見
- PDB-3t50: X-ray structure of the LOV domain from the LOV-HK sensory protein... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t50
タイトルX-ray structure of the LOV domain from the LOV-HK sensory protein from Brucella abortus (dark state).
要素Blue-light-activated histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / PAS superfamily / Blue-light photoreceptor / FMN binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / response to stimulus / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Blue-light-activated histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Rinaldi, J.J. / Klinke, S. / Goldbaum, F.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Beta-Scaffold of the LOV Domain of the Brucella Light-Activated Histidine Kinase Is a Key Element for Signal Transduction
著者: Rinaldi, J. / Gallo, M. / Klinke, S. / Paris, G. / Bonomi, H.R. / Bogomolni, R.A. / Cicero, D.O. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7544
ポリマ－28,8412
非ポリマー9132
水2,864159
1
A: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8772
ポリマ－14,4201
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8772
ポリマ－14,4201
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.900, 61.600, 98.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Blue-light-activated histidine kinase / BM-LOV-histidine kinase / BM-LOV-HK


分子量: 14420.438 Da / 分子数: 2 / 断片: LOV domain, residues 28-139 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: Brucella melitensis biovar Abortus 2308 / 遺伝子: BAB2_0652, BMEII0679 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YC53, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 2000 MME, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月16日 / 詳細: Varimax-HF confocal multilayer mirrors
放射モノクロメーター: Varimax-HF, confocal multilayer mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→20 Å / Num. all: 28947 / Num. obs: 28520 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1961 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2V0W

2v0w


解像度: 1.64→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1426 -random
Rwork0.193 ---
obs0.195 27094 93.6 %-
all-28947 --
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 62 159 1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.574
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.68 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 97 -
Rwork0.224 --
obs-1855 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る