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- PDB-3t4x: Short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t4x
タイトルShort chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor
要素Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family / Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9822
ポリマ－59,9822
非ポリマー00
水36020
1
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9634
ポリマ－119,9634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area15570 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area38890 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
3
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9822
ポリマ－59,9822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
4
B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9822
ポリマ－59,9822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.979, 144.979, 65.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 264 / Label seq-ID: 4 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family


分子量: 29990.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS3188, BA_3440, GBAA_3440 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q81MX9, UniProt: A0A384KDK1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tacsimate 60%,NaCl 0.2M, CaAcetate 5mM, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.06885 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SE {111} CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 17682 / Num. obs: 17682 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 89.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 19.04
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1572 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 34.481 / SU ML: 0.305 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.943 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26278 895 5.1 %RANDOM
Rwork0.20017 ---
obs0.20331 16691 98 %-
all-16691 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.97 Å20 Å20 Å2
2---3.97 Å20 Å2
3---7.94 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 0 20 4082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9521.9785568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.2985528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.59125168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17415760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9751525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.52636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73324280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54831480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.494.51288
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2017 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.510.5
Bmedium thermal1.182
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 58 -
Rwork0.252 1090 -
obs--88.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4134-0.6735-0.28032.39570.90231.6869-0.0976-0.78440.56530.45520.1775-0.034-0.18990.1473-0.07990.2494-0.0455-0.00890.2268-0.1130.108132.250943.867512.8062
24.3038-0.53090.04563.41270.6271.7874-0.0759-0.177-0.56690.2476-0.13521.3540.0727-0.58330.21110.0886-0.05480.12170.2308-0.02570.5885.585425.74655.1722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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