+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t4p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase from Leishmania donovani in complex with designed tetrapeptide | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Cysteine Synthase / The tryptophan synthase family (fold type II) / Serine acetyl transferase / sulfhydrylase / sulfhydrylase-inhibitor complex / peptide-OASS complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raj, I. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The narrow active-site cleft of O-acetylserine sulfhydrylase from Leishmania donovani allows complex formation with serine acetyltransferases with a range of C-terminal sequences 著者: Raj, I. / Kumar, S. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 57.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 461.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35907.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MHOM/IM/1983/AG83 / 遺伝子: ldOASS, OASS / プラスミド: pET21c / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 519.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis-GenproBiotech |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: KSCN, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 29549 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 5.6 / Observed criterion σ(I): 30.15 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.772→1.818 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / % possible all: 77.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3SPX 解像度: 1.77→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.02 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.637 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→34.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.772→1.818 Å / Total num. of bins used: 20
|