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万見
- PDB-3t41: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Epidermin Leader Pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t41
タイトル1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Epidermin Leader Peptide Processing Serine Protease (EpiP) S393A Mutant from Staphylococcus aureus
要素Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha and beta proteins (a/b) / Subtilisin-like / Rossmann fold / serine-type endopeptidase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Protease propeptides/inhibitors / Lantibiotic leader peptide-processing serine protease / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site ...: / Protease propeptides/inhibitors / Lantibiotic leader peptide-processing serine protease / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leader peptide-processing serine protease / Leader peptide-processing serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Kuhn, M. / Ruan, J. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. ...Minasov, G. / Kuhn, M. / Ruan, J. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Epidermin Leader Peptide Processing Serine Protease (EpiP) S393A Mutant from Staphylococcus aureus.
著者: Minasov, G. / Kuhn, M. / Ruan, J. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural ...著者: Minasov, G. / Kuhn, M. / Ruan, J. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
B: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6779
ポリマ－105,4022
非ポリマー2767
水8,773487
1
A: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8214
ポリマ－52,7011
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8565
ポリマ－52,7011
非ポリマー1564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.234, 68.473, 97.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP


分子量: 52700.789 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 28-457 / 変異: S393A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: epiP, SACOL1874 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q5HEV5, UniProt: A0A0H2WX20*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein solution: 7.8 mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), Screen solution: PACT (D11), 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris (pH 8.0), 20% w/v PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: Protein solution: 7.8 mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), Screen solution: PACT (D11), 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris (pH 8.0), 20% w/v PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 67885 / Num. obs: 67885 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3419 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QFH

3qfh


解像度: 1.95→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 7.083 / SU ML: 0.092
Isotropic thermal model: Atomic Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19477 3416 5.1 %RANDOM
Rwork0.16597 ---
all0.16749 63887 --
obs0.16749 63887 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å2-0 Å21.88 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6606 0 7 487 7100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9389500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.851311433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5775892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.03125.953341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.445151257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.4811518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1121.54334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3661.51776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8827007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06532672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7924.52493
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 231 -
Rwork0.226 4694 -
obs-4694 98.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9018-0.1377-1.65661.7045-0.6193.9326-0.1071-0.55890.13710.71790.14830.1593-0.194-0.0784-0.04120.43210.12150.05640.5343-0.02710.1066-33.6875-12.0623-13.2282
21.4849-0.1598-0.3631.8402-0.06021.6208-0.0975-0.23860.10.33760.17610.016-0.0781-0.3938-0.07870.0760.0668-0.01030.1826-0.00250.0371-26.8881-12.4259-33.6688
31.3284-0.21650.06371.9275-0.53321.8964-0.1051-0.09670.10040.1160.1259-0.3341-0.0782-0.1674-0.02080.02230.0215-0.0310.0296-0.03130.1009-14.3274-13.3682-41.7981
44.0204-0.635-0.88412.8467-0.95393.5540.1158-0.51390.19470.66440.05840.3251-0.1552-0.1503-0.17420.45910.02520.17760.4936-0.04030.1902-10.5777-37.25442.2917
51.37780.2971-0.24251.5017-0.2431.94160.032-0.4358-0.00210.4029-0.0253-0.03650.06410.1133-0.00670.15660.0281-0.00710.15050.01060.08196.541-37.7503-15.148
61.8645-0.1978-0.26761.92860.18471.5431-0.0566-0.1357-0.08310.1040.01290.13330.0784-0.07380.04370.05180.01530.02140.02140.01410.10341.0342-37.4432-29.1846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3A311 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4B28 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5B107 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6B279 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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