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- PDB-3t1g: Engineering of organophosphate hydrolase by computational design ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t1g
タイトルEngineering of organophosphate hydrolase by computational design and directed evolution
要素organophosphate hydrolase
キーワードHYDROLASE / Computational design / directed evolution / TIM beta/alpha-barrel / Metallo-dependent hydrolase / Organophosphate binding / Hydrolysis / Artificial enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of mucus secretion / penile erection / purine nucleoside binding / positive regulation of germinal center formation ...mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of mucus secretion / penile erection / purine nucleoside binding / positive regulation of germinal center formation / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / amide catabolic process / hypoxanthine biosynthetic process / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / histamine secretion / germinal center B cell differentiation / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / hypoxanthine salvage / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine catabolic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / adenosine deaminase activity / AMP catabolic process / adenosine metabolic process / positive regulation of T cell differentiation in thymus / dATP catabolic process / mucus secretion / negative regulation of leukocyte migration / GMP salvage / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / embryonic digestive tract development / allantoin metabolic process / response to purine-containing compound / trophectodermal cell differentiation / IMP salvage / Peyer's patch development / positive regulation of smooth muscle contraction / germinal center formation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / AMP salvage / regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of thymocyte apoptotic process / anchoring junction / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / regulation of T cell differentiation / thymocyte apoptotic process / lung alveolus development / leukocyte migration / positive regulation of heart rate / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell proliferation / T cell differentiation / smooth muscle contraction / response to vitamin E / positive regulation of B cell proliferation / dendrite cytoplasm / positive regulation of calcium-mediated signaling / liver development / T cell activation / lung development / calcium-mediated signaling / placenta development / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of T cell activation / T cell receptor signaling pathway / T cell differentiation in thymus / in utero embryonic development / lysosome / response to hypoxia / cell adhesion / external side of plasma membrane / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / extracellular space / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosine deaminase / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Takeuchi, R. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Computational redesign of a mononuclear zinc metalloenzyme for organophosphate hydrolysis.
著者: Khare, S.D. / Kipnis, Y. / Greisen, P.J. / Takeuchi, R. / Ashani, Y. / Goldsmith, M. / Song, Y. / Gallaher, J.L. / Silman, I. / Leader, H. / Sussman, J.L. / Stoddard, B.L. / Tawfik, D.S. / Baker, D.
履歴
登録2011年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: organophosphate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4826
ポリマ－40,1811
非ポリマー3025
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.391, 77.592, 94.972
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 organophosphate hydrolase


分子量: 40180.672 Da / 分子数: 1 / 変異: D19S,L58Q,F61T,F65W,Q138H,A183I,V218F,D296A,I299E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adenosine deaminase, ADA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P03958, 加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, 20% PEG3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月2日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 15204 / Num. obs: 14900 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1332 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FKW

1fkw


解像度: 2.35→42.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 16.989 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24993 755 5.1 %RANDOM
Rwork0.18949 ---
obs0.1925 14116 98 %-
all-14404 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2796 0 5 136 2937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1221.9633875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7365348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13924.519135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.13715508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4361515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3581.51741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70322819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17531121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9784.51056
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 44 -
Rwork0.219 946 -
obs--91.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.831 Å / Origin y: -11.12 Å / Origin z: -16.069 Å
111213212223313233
T0.037 Å2-0.0195 Å20.012 Å2-0.0487 Å2-0.0273 Å2--0.0173 Å2
L1.4608 °2-0.1356 °2-0.5712 °2-1.6699 °20.2734 °2--1.9001 °2
S-0.0617 Å °0.0429 Å °-0.036 Å °-0.0436 Å °-0.0014 Å °0.0197 Å °0.0213 Å °-0.0057 Å °0.0631 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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