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万見
- PDB-3t0y: Structure of the PhyR anti-anti-sigma domain bound to the anti-si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t0y
タイトルStructure of the PhyR anti-anti-sigma domain bound to the anti-sigma factor, NepR
要素
  • NepR
  • Response regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/PROTEIN BINDING / sigma factor / anti-sigma factor / receiver domain / gene regulation / signal transduction / TRANSCRIPTION REGULATOR-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor NepR / Anti-sigma factor NepR / Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Anti-sigma factor NepR / Anti-sigma factor NepR / Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-anti sigma factor/receiver protein PhyR / Anti-sigma factor NepR / Response regulator / NepR domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Herrou, J. / Crosson, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of a protein partner switch that regulates the general stress response of alpha-proteobacteria
著者: Herrou, J. / Rotskoff, G. / Luo, Y. / Roux, B. / Crosson, S.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator
B: NepR
C: Response regulator
D: NepR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2274
ポリマ－47,2274
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.370, 105.320, 97.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Response regulator


分子量: 15751.290 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-141 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: NA1000 / 遺伝子: CC_3477, PhyR / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9A2S9, UniProt: A0A0H3CBZ6*PLUS
#2: タンパク質 NepR


分子量: 7862.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: NA1000 / 遺伝子: CC_3476, NepR / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9A2T0, UniProt: A0A0H3CFC9*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 20% PEG 2000 MME, 200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 18220 / Num. obs: 17325 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.102→29.865 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.28 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 1729 9.98 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2055 17325 75.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.325 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1125 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.5369 Å2-0 Å2
3----0.5755 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→29.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 0 75 2548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1593457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.583954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.102-2.17710.2657610.1817534X-RAY DIFFRACTION26
2.1771-2.26430.25981050.1954944X-RAY DIFFRACTION46
2.2643-2.36730.2691290.20681175X-RAY DIFFRACTION57
2.3673-2.4920.29551560.22711372X-RAY DIFFRACTION67
2.492-2.64810.30411680.21081524X-RAY DIFFRACTION75
2.6481-2.85240.30432010.2311786X-RAY DIFFRACTION87
2.8524-3.13920.24422110.21921938X-RAY DIFFRACTION94
3.1392-3.59270.24612240.1982057X-RAY DIFFRACTION98
3.5927-4.5240.22422300.17472082X-RAY DIFFRACTION99
4.524-29.86840.23992440.20012184X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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