PDB-3t0t: Crystal structure of S. aureus Pyruvate Kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t0t

タイトル

Crystal structure of S. aureus Pyruvate Kinase

要素

Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tetramer / ligand / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Worrall, L.J. / Vuckovic, M. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Cheminformatics-driven discovery of selective, nanomolar inhibitors for staphylococcal pyruvate kinase.
著者: Axerio-Cilies, P. / See, R.H. / Zoraghi, R. / Worral, L. / Lian, T. / Stoynov, N. / Jiang, J. / Kaur, S. / Jackson, L. / Gong, H. / Swayze, R. / Amandoron, E. / Kumar, N.S. / Moreau, A. / ...

履歴

登録	2011年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3t0t.ent.gz	750.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3t0t_validation.pdf.gz	968.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t0t_full_validation.pdf.gz	1021.5 KB	表示
XML形式データ	3t0t_validation.xml.gz	81.7 KB	表示
CIF形式データ	3t0t_validation.cif.gz	109 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t05 3t07
類似構造データ	2e28-1 3t07-d 3t05-d 4k7q-1 1oyd-1 2i6w-1 6teh-1 2hqd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

C: Pyruvate kinase

D: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

263 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.090, 113.090, 315.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 10000
2	1	1	1	B	1 - 10000
3	1	1	1	C	1 - 10000
4	1	1	1	D	1 - 10000

#1: タンパク質	Pyruvate kinase / PK 分子量: 65520.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: pyk, SAR1776 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GG09, pyruvate kinase
#2: 化合物	ChemComp-I30 / N'-[(1E)-1-(1H-benzimidazol-2-yl)ethylidene]-5-bromo-2-hydroxybenzohydrazide 分子量: 373.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃BrN₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15-20% PEG3350, 0.4 M sodium malonate, 0.1 M bicine, pH 8.5, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.91839 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91839 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→113.12 Å / Num. all: 64847 / Num. obs: 64847 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 6 % / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.1-3.27	5.9	0.7	50053	8430	1.123	80.9
3.27-3.47	5.9	1.1	47770	8136	0.688	82.5
3.47-3.71	5.7	1.9	45165	7877	0.39	85.1
3.71-4	5.5	3.1	42427	7714	0.238	89.6
4-4.38	5.4	4.6	40405	7486	0.156	94.3
4.38-4.9	5.5	6.1	38890	7026	0.115	97.5
4.9-5.66	6.1	5.3	38445	6330	0.126	99.6
5.66-6.93	6.9	5.1	36830	5358	0.125	99.8
6.93-9.8	7.8	12.2	32561	4173	0.049	100
9.8-56.56	8.2	14.9	18896	2317	0.038	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxDC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→113.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.212 / WR_factor R_work: 0.1893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8399 / SU B: 43.235 / SU ML: 0.326 / SU R_free: 0.3972 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2269	3283	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2037	-	-	-
obs	0.2048	64727	90.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 217.04 Å² / B_iso mean: 92.3929 Å² / B_iso min: 42.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→113.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17628	0	66	0	17694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	17874
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.245	1.982	24182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	29554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.254	5	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.715	25.856	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.986	15	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.323	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	19738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3028

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7390 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	4.22	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	4.85	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	4.39	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	5.2	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	217	-
R_work	0.337	4051	-
all	-	4268	-
obs	-	-	80.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9466	-0.3807	-0.3039	4.9586	0.7028	2.2385	-0.0693	0.3728	0.4012	-0.5069	0.3708	-0.9216	-0.2852	0.4001	-0.3015	0.5567	-0.1015	0.0148	0.471	0.0358	0.5313	53.915	31.867	-24.772
2	11.535	0.5101	0.6623	7.5772	-1.7453	6.543	0.1179	-0.442	0.3779	0.4815	-0.0292	-0.7653	-0.7139	0.0707	-0.0888	0.8242	0.049	-0.2238	0.271	0.0193	0.5864	41.847	56.111	-5.626
3	1.2437	-2.1082	-0.2146	12.2776	9.7971	10.61	0.0013	-0.0769	0.1436	-0.6174	0.0964	-0.0249	-0.4912	-0.447	-0.0977	0.6406	-0.1412	-0.0071	0.5358	0.3154	0.6175	39.921	42.28	-22.878
4	5.4061	-1.1991	-1.1642	4.6404	1.4377	7.4273	-0.2164	0.4745	0.299	-0.5594	0.0505	0.5124	-0.4804	-0.5613	0.166	0.4496	-0.0402	-0.1302	0.1828	0.1741	0.4258	34.981	32.01	-22.538
5	5.6691	0.8765	1.1282	2.9481	0.8227	4.1626	-0.1424	-0.4101	0.4347	0.2872	0.2646	-0.4142	-0.342	0.3872	-0.1222	0.5172	-0.0118	-0.0892	0.1864	0.0037	0.3829	47.919	25.797	-9.127
6	5.009	3.4394	0.4647	4.1446	0.4975	2.4976	0.2103	-0.2085	-0.0075	0.3564	-0.0307	-0.5043	0.0269	0.3544	-0.1796	0.3443	0.0487	-0.0652	0.1846	-0.0687	0.3002	43.223	9.279	-14.454
7	8.0972	3.8438	-2.6001	7.2349	-2.8039	11.2919	-0.3293	0.9138	-0.0248	-0.6143	0.583	-0.4048	0.037	0.4765	-0.2538	0.3426	-0.0635	-0.0305	0.2281	-0.0442	0.2961	40.393	10.981	-28.174
8	13.2745	-1.2247	-2.2792	6.7346	1.6209	10.2898	0.0649	1.112	0.2842	-0.6033	0.029	-0.2956	0.1992	0.0991	-0.094	0.4232	-0.1248	0.0191	0.1957	-0.082	0.2437	38.084	0.122	-30.132
9	4.7427	-1.4091	2.7519	11.9591	-1.1046	1.8353	0.0654	-0.5574	-0.9312	0.1567	0.1185	-1.8295	0.2416	-0.0073	-0.1839	0.8325	0.1108	0.1204	0.8999	0.2087	1.1593	49.816	-31.342	-20.307
10	5.2683	3.5726	1.4423	12.1961	0.4642	4.0287	0.1172	-0.3323	-0.8783	-0.2795	-0.4739	-0.9838	-0.1867	0.0976	0.3567	0.6219	0.1994	0.0118	0.6755	0.0426	0.7412	45.186	-28.494	-22.746
11	4.1301	0.4423	0.2964	3.3918	0.1078	3.8962	0.1095	-0.0423	-0.5776	-0.1319	0.076	0.4371	0.5759	-0.3602	-0.1855	0.4268	-0.0587	-0.0462	0.257	-0.0463	0.1899	4.504	-35.457	-21.388
12	9.4207	-3.1407	-1.593	7.77	0.5692	6.2004	-0.3338	-1.1433	-1.0619	0.8903	0.3844	1.0277	0.7084	-0.6825	-0.0506	1.0934	0.0139	0.0803	0.7676	0.3656	0.7792	14.247	-55.608	3.06
13	2.9394	-1.8803	1.5436	6.015	-9.7829	29.0392	-0.0349	-0.2901	-0.5809	0.1237	0.2618	0.1737	0.3695	0.644	-0.2268	0.5715	-0.0045	-0.1239	0.1798	0.0266	0.2996	18.143	-45.088	-16.067
14	7.619	-0.85	1.8972	4.4291	0.3649	10.9266	0.0652	-0.0502	-0.2239	-0.085	-0.1346	-0.3015	-0.0535	0.511	0.0694	0.2764	0.0378	-0.0828	0.0818	-0.0476	0.1591	23.052	-34.846	-17.051
15	7.5824	1.9894	-1.2105	2.2822	-0.4305	3.72	0.0287	-1.0528	-0.3896	0.5041	0.0686	0.0164	0.5281	-0.0994	-0.0974	0.5011	0.0668	-0.0453	0.2935	-0.007	0.1817	8.682	-26.559	-6.54
16	3.7319	3.1611	-1.3692	4.203	-0.7825	1.3515	0.0358	-0.113	0.3728	0.2822	0.0447	0.2821	-0.1494	-0.1393	-0.0804	0.3103	0.0833	-0.0661	0.189	-0.0592	0.139	14.007	-11.191	-14.22
17	7.9169	3.664	0.8451	6.0212	0.6028	5.539	-0.3608	0.7119	0.0203	-0.8071	0.3721	-0.1568	-0.2529	-0.2333	-0.0114	0.3172	0.0355	-0.0323	0.1145	-0.0262	0.1487	18.379	-15.277	-26.989
18	8.271	-1.4346	2.2686	6.4444	-0.8282	11.8647	0.0764	1.02	-0.2307	-0.4186	-0.0201	0.4501	-0.0501	0.2278	-0.0563	0.3431	-0.0956	-0.1189	0.1612	-0.0008	0.1786	20.943	-4.92	-30.613
19	9.4626	-8.6686	-1.9419	13.6855	-1.6522	3.8459	-0.2158	0.2662	1.2567	0.7215	0.7059	1.1091	-0.921	-0.9404	-0.4901	0.981	0.0919	-0.3354	0.844	0.1134	1.8332	8.271	27.592	-28.035
20	5.5504	3.6969	0.4586	10.7303	-2.3528	4.471	-0.1837	0.5643	1.1721	-0.1524	0.2213	1.4648	-0.4365	-0.3408	-0.0377	0.7177	0.1091	-0.2897	0.6791	0.2086	1.0878	13.138	24.433	-29.376
21	2.1896	0.6393	-0.9625	3.7664	-0.5306	3.3245	0.361	-0.5039	-0.689	0.4308	-0.0449	0.732	0.5342	-0.4428	-0.316	0.515	-0.2921	-0.0516	0.6222	0.1	0.7205	-8.114	-21.867	21.851
22	9.3133	-0.2956	-1.0937	10.2383	1.0369	3.5327	0.0075	0.6458	-0.8454	-0.8786	-0.3857	1.2875	0.392	-0.2493	0.3781	0.5394	-0.0432	-0.2277	1.1249	-0.2054	0.9727	-28.302	-13.988	-3.256
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39	10.7397	0.5369	2.1345	2.3639	-0.8653	3.1648	-0.3193	0.2423	1.5809	-0.2391	0.1241	1.1272	-0.5943	-0.8219	0.1953	0.5544	0.1341	-0.0763	0.722	-0.1313	0.8904	-3.949	23.521	17.879
40	11.6891	4.4211	-0.6579	8.1744	-0.0977	4.7475	-0.1562	-0.4166	1.0347	-0.1664	-0.193	1.0197	-0.123	-0.0827	0.3493	0.3259	0.146	-0.0088	0.5722	-0.162	0.5865	-1.111	19.031	20.568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	241 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	318 - 379
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	380 - 427
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	428 - 470
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	471 - 523
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	524 - 583
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 85
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	86 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	156 - 183
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	184 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	241 - 317
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	318 - 379
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	380 - 427
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	428 - 470
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	471 - 523
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	524 - 583
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	86 - 155
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	156 - 183
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	241 - 317
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	318 - 379
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	380 - 427
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	428 - 470
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	471 - 523
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	524 - 583
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	1 - 85
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	380 - 427
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	428 - 470
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	471 - 523
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	524 - 583

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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