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- PDB-3szq: Structure of an S. pombe APTX/DNA/AMP/Zn complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3szq
タイトルStructure of an S. pombe APTX/DNA/AMP/Zn complex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
  • Aprataxin-like protein
キーワードHYDROLASE/DNA / histidine triad (HIT) / C2HE zinc finger / DNA repair / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / mismatched DNA binding / single strand break repair / mismatch repair ...guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / mismatched DNA binding / single strand break repair / mismatch repair / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / HIT domain / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / DNA / DNA (> 10) / Aprataxin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.353 Å
データ登録者Tumbale, P. / Krahn, J. / Williams, R.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of an aprataxin-DNA complex with insights into AOA1 neurodegenerative disease.
著者: Tumbale, P. / Appel, C.D. / Kraehenbuehl, R. / Robertson, P.D. / Williams, J.S. / Krahn, J. / Ahel, I. / Williams, R.S.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aprataxin-like protein
B: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2677
ポリマ－29,6983
非ポリマー5694
水3,801211
1
A: Aprataxin-like protein
B: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: Aprataxin-like protein
B: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,53414
ポリマ－59,3976
非ポリマー1,1388
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.050, 157.050, 157.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-8-

HOH

21A-261-

HOH

31A-283-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aprataxin-like protein / Hit family protein 3


分子量: 23897.436 Da / 分子数: 1 / 断片: APTX HIT-ZNF catalytic domain (UNP residues 31-232) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: hnt3, SPCC18.09c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74859, 加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*TP*G)-3'


分子量: 1455.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 4344.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 215分子

#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 0.2 M sodium/potassium tartrate, 20% w/v PEG3350, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: LN2-cooled, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.663 Å / Num. all: 14068 / Num. obs: 14067 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 4.7 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.353→24.832 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 20.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1250 4.81 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.1673 14068 --
obs0.165 14067 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.41 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.353→24.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1615 264 32 211 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0622829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.047766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3532-2.44740.26981360.20762780X-RAY DIFFRACTION100
2.4474-2.55860.27871420.19332731X-RAY DIFFRACTION100
2.5586-2.69340.23611350.18572726X-RAY DIFFRACTION100
2.6934-2.86190.30041290.17742768X-RAY DIFFRACTION100
2.8619-3.08250.21031400.17272755X-RAY DIFFRACTION100
3.0825-3.3920.23651190.15692757X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.88120.18691540.15512732X-RAY DIFFRACTION100
3.8812-4.88380.1581600.13082713X-RAY DIFFRACTION100
4.8838-24.83320.20731350.17732780X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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