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- PDB-3syw: Crystal Structure of the Triplet Repeat in Myotonic Dystrophy Rev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3syw
タイトルCrystal Structure of the Triplet Repeat in Myotonic Dystrophy Reveals Heterogeneous 1x1 Nucleotide UU Internal Loop Conformations
要素RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
キーワードRNA / CUG repeat RNA / A-form RNA / Myotonic dystrophy / Internal loop
機能・相同性PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Kumar, A. / Park, H. / Pengfei, F. / Parkesh, R. / Guo, M. / Nettles, K.W. / Disney, M.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Triplet Repeat in Myotonic Dystrophy Reveals Heterogeneous 1x1 Nucleotide UU Internal Loop Conformations
著者: Kumar, A. / Park, H. / Fang, P. / Parkesh, R. / Guo, M. / Nettles, K.W. / Disney, M.D.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2694
ポリマ－12,0792
非ポリマー1902
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6410 Å2
手法PISA
2
A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,80712
ポリマ－36,2376
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.535, 46.535, 135.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-20-

PO4

21B-20-

PO4

31A-21-

HOH

41A-27-

HOH

51A-31-

HOH

61A-32-

HOH

71B-22-

HOH

81B-23-

HOH

91B-24-

HOH

101B-40-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*C)-3')


分子量: 6039.569 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Polyribonucleotide
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / 詳細: Polyribonucleotide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6
詳細: 15 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 1.7 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97855
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月9日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→34.6 Å / Num. obs: 16712 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 48.99
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→34.6 Å / σ(F): 0.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 805 5.01 %
Rwork0.167 --
obs0.168 16068 -
all-16712 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 796 10 176 982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9821558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5199-1.61510.209600.21430X-RAY DIFFRACTION1
1.6151-1.73980.161900.15180X-RAY DIFFRACTION1
1.7398-1.91490.158600.1460X-RAY DIFFRACTION1
1.9149-2.19190.175200.16820X-RAY DIFFRACTION1
2.1919-2.76140.202800.1680X-RAY DIFFRACTION1
2.7614-34.61140.191600.16770X-RAY DIFFRACTION1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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