PDB-3sy5: Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sy5

タイトル

Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor 6azaUMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/INHIBITOR / tim barrel / 6azaUMP / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.321 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Iiams, V. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor 6azaUMP
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Iiams, V. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Other
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sy5.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sy5.ent.gz	82.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sy5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sy5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sy5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3sy5_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	3sy5_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g1aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pc0-d 3nqd-d 1xbv-d 3nqg-d 4o11-d 3g22-d 4fx6-d 3nqg-1 1so5-d 4o8r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.711, 63.603, 61.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24868.697 Da / 分子数: 2 / 変異: S127A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-UP6 / 6-AZA URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / 6-AZA-UMP / 6-アザウリジン5′-りん酸分子量: 325.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₃O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Hepes, 0.2M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K, pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月9日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.321→29.785 Å / Num. all: 96918 / Num. obs: 96918 / % possible obs: 99.79 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PB entry 3G1A

3g1a

解像度: 1.321→29.785 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2185	4848	5 %	RANDOM
R_work	0.1957	-	-	-
all	0.1969	96918	-	-
obs	0.1969	96918	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.439 Å² / k_sol: 0.405 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0659 Å²	-0 Å²	-1.0869 Å²
2-	-	1.9599 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.106 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.321→29.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3328	0	42	405	3775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	4806
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.646	1415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.321-1.3355	0.2983	166	0.2853	2898	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3355-1.3512	0.3196	168	0.278	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3512-1.3677	0.2892	149	0.271	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3677-1.385	0.2738	142	0.2527	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
1.385-1.4032	0.2693	169	0.2532	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4032-1.4225	0.3143	159	0.244	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4225-1.4428	0.2895	161	0.2327	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4428-1.4643	0.2528	176	0.2197	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4643-1.4872	0.2263	178	0.2066	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4872-1.5116	0.2073	157	0.1998	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5116-1.5376	0.218	148	0.1976	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5376-1.5656	0.2261	175	0.1892	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5656-1.5957	0.2033	156	0.194	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5957-1.6283	0.2175	154	0.1859	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6283-1.6637	0.2177	162	0.1836	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6637-1.7024	0.187	146	0.1792	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7024-1.7449	0.1768	165	0.1827	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7449-1.7921	0.2045	183	0.1837	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7921-1.8448	0.196	166	0.1862	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8448-1.9044	0.2263	141	0.1874	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9044-1.9724	0.2099	153	0.1862	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9724-2.0514	0.23	155	0.1939	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0514-2.1447	0.2233	187	0.1999	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1447-2.2578	0.2051	170	0.1971	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2578-2.3992	0.2283	162	0.1976	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3992-2.5843	0.2148	146	0.201	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5843-2.8442	0.2365	173	0.2104	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8442-3.2553	0.2089	148	0.1977	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2553-4.0997	0.205	158	0.166	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0997-29.7927	0.1882	175	0.1769	3145	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)