PDB-3sx2: Crystal structure of a putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sx2

タイトル

Crystal structure of a putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Mycobacterium paratuberculosis in complex with NAD

要素

Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / 3-KETOACYL-(ACYL-CARRIER-PROTEIN) REDUCTASE / MYCOBACERIUM PARATUBERCULOSIS / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / putative 3-KETOACYL-(ACYL-CARRIER-PROTEIN) REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Mycofactocin-associated mycobacterial dehydrogenases with non-exchangeable NAD cofactors.
著者: Haft, D.H. / Pierce, P.G. / Mayclin, S.J. / Sullivan, A. / Gardberg, A.S. / Abendroth, J. / Begley, D.W. / Phan, I.Q. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Marathias, V.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2011年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sx2.cif.gz	817 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sx2.ent.gz	680 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sx2_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sx2_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	3sx2_validation.xml.gz	93.3 KB	表示
CIF形式データ	3sx2_validation.cif.gz	129.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oecSC 3pgxC 3pxxC 3s55C 3t7cC 3tscC 4rgbC 5ej2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sql-1 2x23-d 7k73-d 2p68-1 4bms-1 4cmc-d 6rx5-d 5dtl-1 2pxw-2 4oxy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MypaA.01326.d

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

B: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

C: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

D: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

E: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

F: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

G: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

H: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

235 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

B: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

C: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

D: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

F: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

G: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

H: Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.460, 70.760, 125.680
Angle α, β, γ (deg.)	97.01, 93.92, 86.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase 分子量: 28592.520 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア) 株: ATCC BAA-968/K-10 / 遺伝子: MAP_2861 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q73W00
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: EBS JCSG+ SCREEN D5 OPTIMIZED TO: 100MM HEPES PH 6.5, 70% MPD; MYPAA.01326.D.A1 PW29473 AT 23MG/ ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 351856 / Num. obs: 333445 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21.04
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 26062 / R_sym value: 0.304 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3oec modified with CCP4 program CHAINSAW

3oec

解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.882 / SU ML: 0.032 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.159	16842	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14	-	-	-
all	0.141	351856	-	-
obs	0.141	333440	94.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0.08 Å²	0.14 Å²
2-	-	0.01 Å²	0.47 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14978	0	392	1563	16933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	16066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	10045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.991	22126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.609	3	24765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.893	5	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.721	24.271	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.28	15	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.173	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	18245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.844	1.5	10565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.26	1.5	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.419	2	16919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.22	3	5501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.531	4.5	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	1165	-
R_work	0.235	22248	-
obs	-	23546	90.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4025	-0.0463	0.0503	0.2166	-0.0906	0.2293	0.0041	0.0295	0.082	-0.021	0.0003	0.0137	0.006	0.0017	-0.0044	0.0186	0.0072	0.0073	0.0211	0.0043	0.0356	-22.726	83.461	-25.872
2	0.3383	-0.0698	0.0257	0.3442	-0.1476	0.5469	0.0333	-0.018	-0.0808	-0.0556	0.01	0.0551	0.1015	-0.0132	-0.0433	0.0466	-0.0091	-0.0113	0.0074	-0.0039	0.0389	-26.754	53.116	-16.497
3	0.4315	0.066	0.0629	0.3522	-0.1133	0.2796	0.0156	-0.1167	-0.0363	0.0138	-0.0083	-0.0106	0.0053	-0.0305	-0.0073	0.0264	0.0088	0.0001	0.0535	0.0051	0.0055	-6.679	59.957	9.678
4	0.5662	-0.0693	-0.0574	0.2475	-0.0987	0.1607	0.0053	-0.0424	0.1342	0.0109	-0.0265	-0.0547	-0.0139	0.0339	0.0211	0.0074	-0.0048	0.002	0.0234	-0.0223	0.07	4.301	84.896	-6.902
5	0.4806	0.0405	0.1231	0.5214	-0.0986	0.3318	0.0094	0.1364	-0.1495	-0.104	0.0414	-0.0093	0.0538	0.0648	-0.0508	0.053	0.0036	0.0006	0.0498	-0.0444	0.0484	-39.709	85.5	30.405
6	0.358	0.0877	0.0931	0.3678	-0.0006	0.1723	-0.0379	0.0074	0.0301	-0.0312	0.0185	0.064	-0.0168	0.007	0.0195	0.0129	-0.0006	-0.0061	0.0351	0.0213	0.0229	-50.634	113.54	41.788
7	0.2573	-0.0293	-0.0236	0.2652	0.0125	0.2079	-0.0142	-0.0068	0.0208	0.0292	0.0112	-0.037	-0.0224	0.0067	0.0031	0.0155	0.0044	0.0028	0.0431	0.0032	0.0166	-23.776	115.433	60.655
8	0.3164	-0.0876	-0.031	0.5121	0.0107	0.3325	-0.0036	-0.0064	-0.1185	0.0243	-0.0044	-0.0669	0.0245	0.0209	0.008	0.015	0.019	0.0079	0.0276	0.0203	0.0756	-18.862	83.811	56.994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 276
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 276
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	7 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 276
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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