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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3swg | ||||||
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タイトル | AQUIFEX AEOLICUS MurA in complex with UDP-N-acetylmuramic acid and covalent adduct of PEP with Cys124 | ||||||
![]() | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MURA / CLOSE ENZYME STATE / CELL WALL / BIOGENESIS/DEGRADATION / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Aquifex aeolicus VF5 著者: Kitamura, Y. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 0 | THIS ENTRY 3SWG REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2YVWSF DETERMINED ...THIS ENTRY 3SWG REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2YVWSF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2YVW: AUTHOR Y.KITAMURA,S.YOKOYAMA,S.KURAMITSU | ||||||
Remark 200 | AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2YVW. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 845.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 849.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47490.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O67315, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 366分子 ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/EPZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/EPZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-EPZ / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.3 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2YVW 解像度: 1.81→43.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 91849.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.7235 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→43.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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