PDB-3svr: Crystal structure of mkate mutant S158A/S143C at pH 7.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3svr

タイトル

Crystal structure of mkate mutant S158A/S143C at pH 7.5

要素

mkate S158A/S143C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / fluoresent protein / pH sensor

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.907 Å

データ登録者

Wang, Q. / Byrnes, L. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Molecular Mechanism of a Green-Shifted, pH-Dependent Red Fluorescent Protein mKate Variant.
著者: Wang, Q. / Byrnes, L.J. / Shui, B. / Rohrig, U.F. / Singh, A. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S. / Zipfel, W.R. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3svr.cif.gz	201.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3svr.ent.gz	171.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3svr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3svr_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3svr_full_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示
XML形式データ	3svr_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	3svr_validation.cif.gz	65.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3svnC 3svoC 3svsC 3svuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nt3-3 5yt1-2 3bxb-7 3svs-2 3svn-2 3u8c-2 3bxb-6 4oj0-1 3u8c-1 3u8c-3 3m22-2 3svu-4 3svs-3 3bxb-2 3svn-1 5yt1-1 5yt1-3 3bxb-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mkate S158A/S143C

B: mkate S158A/S143C

C: mkate S158A/S143C

D: mkate S158A/S143C

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: mkate S158A/S143C

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: mkate S158A/S143C

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: mkate S158A/S143C

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: mkate S158A/S143C

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.310, 161.310, 75.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	mkate S158A/S143C 分子量: 26264.057 Da / 分子数: 4 / 変異: S158A/S143C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE WAS ENGINEERED USING THE PROTEIN SEQUENCE FP480 FROM ENTACMAEA QUADRICOLOR (UNP ...THIS SEQUENCE WAS ENGINEERED USING THE PROTEIN SEQUENCE FP480 FROM ENTACMAEA QUADRICOLOR (UNP D0VX33) AS THE ORIGINAL TEMPLATE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 22% PEG3350, 0.1M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 140 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 73856 / Num. obs: 73856 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→1.96 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.907→40.327 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2271	3736	5.06 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.1821	73785	97.7 %
all	-	73785	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.42 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.907→40.327 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7168	0	0	765	7933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	10153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.842	2867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1302

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9069-1.931	0.3111	114	0.2825	2117	X-RAY DIFFRACTION	80
1.931-1.9564	0.3068	105	0.2536	2302	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9564-1.9832	0.2809	138	0.2446	2371	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9832-2.0116	0.2964	116	0.2342	2432	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0116-2.0416	0.2883	119	0.2255	2572	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0416-2.0735	0.2834	138	0.2192	2548	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0735-2.1075	0.2564	142	0.2048	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1075-2.1438	0.2905	152	0.1988	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1438-2.1828	0.2641	145	0.1985	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1828-2.2248	0.2658	131	0.196	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2248-2.2702	0.2582	139	0.1952	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2702-2.3196	0.2496	138	0.188	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3196-2.3735	0.2645	134	0.194	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3735-2.4329	0.2431	148	0.1811	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4329-2.4986	0.2171	133	0.1927	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4986-2.5721	0.2748	132	0.1952	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5721-2.6551	0.265	151	0.1994	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6551-2.75	0.2354	135	0.1855	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.8601	0.2639	144	0.1925	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8601-2.9902	0.268	160	0.1983	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9902-3.1478	0.2766	139	0.1936	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1478-3.345	0.2228	148	0.1767	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.345-3.6031	0.2033	142	0.1637	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6031-3.9654	0.1873	139	0.1555	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9654-4.5385	0.1687	168	0.1333	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5385-5.7154	0.1588	138	0.1359	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7154-40.3365	0.2094	148	0.1846	2740	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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