PDB-3svn: Crystal structure of mKate S158A mutant at pH 7.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3svn

タイトル

Crystal structure of mKate S158A mutant at pH 7.5

要素

mKate

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Fluoresent protein / pH sensor

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Wang, Q. / Byrnes, L. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Molecular Mechanism of a Green-Shifted, pH-Dependent Red Fluorescent Protein mKate Variant.
著者: Wang, Q. / Byrnes, L.J. / Shui, B. / Rohrig, U.F. / Singh, A. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S. / Zipfel, W.R. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3svn.cif.gz	205 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3svn.ent.gz	164.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3svn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3svn_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3svn_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	3svn_validation.xml.gz	52.2 KB	表示
CIF形式データ	3svn_validation.cif.gz	68.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3svoC 3svrC 3svsC 3svuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3svu-2 3m22-2 3svu-3 3svo-2 3nt3-3 5yt1-1 3svr-1 3bxb-6 5yt1-2 3m24-2 5yt1-3 3m22-3 3nt9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mKate

B: mKate

C: mKate

D: mKate

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mKate

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mKate

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: mKate

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: mKate

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.328, 161.328, 76.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	mKate 分子量: 26247.992 Da / 分子数: 4 / 変異: S158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS SEQUENCE WAS ENGINEERED USING THE PROTEIN SEQUENCE FP480 FROM ENTACMAEA QUADRICOLOR (UNP ...THIS SEQUENCE WAS ENGINEERED USING THE PROTEIN SEQUENCE FP480 FROM ENTACMAEA QUADRICOLOR (UNP D0VX33) AS THE ORIGINAL TEMPLATE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.25M ammonium citrate dibasic, 22% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 140 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→1.99 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.899→43.933 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	3795	5.02 %
R_work	0.1718	-	-
obs	0.1742	75527	97.8 %
all	-	73698	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.985 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4349 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4349 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8699 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→43.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7211	0	0	815	8026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7427
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	10014
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.435	2804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1285

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8989-1.9229	0.3431	116	0.2971	2073	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9229-1.9482	0.2814	128	0.2611	2284	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9482-1.9749	0.2857	127	0.2343	2432	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9749-2.0031	0.3062	129	0.2233	2564	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0031-2.033	0.2523	133	0.2182	2617	X-RAY DIFFRACTION	97
2.033-2.0648	0.2726	151	0.2017	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0648-2.0987	0.2519	155	0.195	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0987-2.1348	0.2122	123	0.1795	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1348-2.1737	0.2456	141	0.1866	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1737-2.2155	0.2432	135	0.1853	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2155-2.2607	0.2404	140	0.1839	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2607-2.3098	0.2764	149	0.174	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3098-2.3636	0.2299	142	0.1822	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3636-2.4227	0.2346	127	0.1725	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4227-2.4882	0.2626	147	0.181	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4882-2.5614	0.2515	140	0.1867	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5614-2.644	0.2492	151	0.1806	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.644-2.7385	0.2103	143	0.1679	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7385-2.8482	0.2366	149	0.1786	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8482-2.9778	0.2508	160	0.1864	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9778-3.1347	0.2368	148	0.1783	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1347-3.331	0.2237	134	0.1705	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.331-3.5881	0.1925	150	0.1608	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5881-3.949	0.2009	133	0.15	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.949-4.5199	0.1558	156	0.1257	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5199-5.6927	0.1653	152	0.1257	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6927-43.9451	0.2184	136	0.1949	2817	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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