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万見
- PDB-3svj: Strep Peptide Deformylase with a time dependent thiazolidine amide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3svj
タイトルStrep Peptide Deformylase with a time dependent thiazolidine amide
要素Peptide deformylase 3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-beta / peptide deformylase / metal binding protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


co-translational protein modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LI / NICKEL (II) ION / Peptide deformylase / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Campobasso, N. / Ward, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Understanding the origins of time-dependent inhibition by polypeptide deformylase inhibitors.
著者: Totoritis, R. / Duraiswami, C. / Taylor, A.N. / Kerrigan, J.J. / Campobasso, N. / Smith, K.J. / Ward, P. / King, B.W. / Murrayz-Thompson, M. / Jones, A.D. / Van Aller, G.S. / Aubart, K.M. / ...著者: Totoritis, R. / Duraiswami, C. / Taylor, A.N. / Kerrigan, J.J. / Campobasso, N. / Smith, K.J. / Ward, P. / King, B.W. / Murrayz-Thompson, M. / Jones, A.D. / Van Aller, G.S. / Aubart, K.M. / Zalacain, M. / Thrall, S.H. / Meek, T.D. / Schwartz, B.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Other
改定 1.32014年11月12日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Peptide deformylase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7907
ポリマ－22,7691
非ポリマー1,0216
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.385, 50.385, 92.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 P

#1: タンパク質 Peptide deformylase 3 / PDF 3 / Polypeptide deformylase 3


分子量: 22769.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: defB, def3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q939R9, UniProt: Q8DP79*PLUS, peptide deformylase

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非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-4LI / (4R)-3-(4-[4-(2-chlorophenyl)piperazin-1-yl]-6-{[2-methyl-6-(methylcarbamoyl)phenyl]amino}-1,3,5-triazin-2-yl)-N-methyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide


分子量: 582.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32ClN9O2S
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 33584 / Num. obs: 33545 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→34.066 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 1885 5.93 %
Rwork0.1806 --
obs0.1822 31784 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.714 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6679 Å20 Å20 Å2
2--5.6679 Å20 Å2
3----11.3358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→34.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1510 0 62 94 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0532178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.904607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58890.28351220.24521986X-RAY DIFFRACTION83
1.5889-1.63570.24721320.2182109X-RAY DIFFRACTION86
1.6357-1.68840.25781340.19742158X-RAY DIFFRACTION89
1.6884-1.74880.19571390.19472190X-RAY DIFFRACTION91
1.7488-1.81880.21431500.172286X-RAY DIFFRACTION93
1.8188-1.90160.19611470.17182263X-RAY DIFFRACTION95
1.9016-2.00180.19011420.16572398X-RAY DIFFRACTION97
2.0018-2.12720.19611510.17322378X-RAY DIFFRACTION99
2.1272-2.29140.17961510.16982423X-RAY DIFFRACTION99
2.2914-2.5220.21421460.18272413X-RAY DIFFRACTION99
2.522-2.88670.22891590.19272401X-RAY DIFFRACTION99
2.8867-3.63630.19621560.18362451X-RAY DIFFRACTION100
3.6363-34.07450.21081560.17312443X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.0782 Å / Origin y: 1.9786 Å / Origin z: 6.4692 Å
111213212223313233
T0.329 Å20.0403 Å20.0195 Å2-0.1117 Å20.0096 Å2--0.1743 Å2
L0.7004 °20.266 °2-0.6614 °2-0.6818 °2-0.0496 °2--1.1055 °2
S-0.1311 Å °0.0041 Å °-0.0236 Å °-0.0595 Å °0.0473 Å °-0.0041 Å °0.6316 Å °0.1659 Å °0.0177 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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