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万見
- PDB-3st7: Crystal Structure of capsular polysaccharide assembling protein C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3st7
タイトルCrystal Structure of capsular polysaccharide assembling protein CapF from staphylococcus aureus
要素Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Cupid Domain / Short-Chain dehydrogenase/reductase / NADPH / UDP-4-hexulose reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich ...: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F / Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Miyafusa, T. / Tanaka, Y. / Kuroda, M. / Yao, M. / Watanabe, M. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Caaveiro, J.M.M. / Tsumoto, K.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the enzyme CapF of Staphylococcus aureus reveals a unique architecture composed of two functional domains.
著者: Miyafusa, T. / Caaveiro, J.M. / Tanaka, Y. / Tsumoto, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary diffraction analysis of CapF, a capsular polysaccharide-synthesis enzyme from Staphylococcus aureus.
著者: Miyafusa, T. / Tanaka, Y. / Kuroda, M. / Ohta, T. / Tsumoto, K.
履歴
登録2011年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22012年6月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8154
ポリマ－42,5651
非ポリマー2503
水1,08160
1
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子

A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6298
ポリマ－85,1302
非ポリマー4996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6880 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area34200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.530, 119.530, 129.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F


分子量: 42565.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MU50 / ATCC 700699 / 遺伝子: capF, SAV0154 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q99X63, UniProt: A0A0H3JP37*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Mosaicity: 0.29 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 300mM NaCl, 100mM ammonium sulfate, 100mM MES, 3.9M sodium formate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→103.52 Å / Num. all: 39695 / Num. obs: 39695 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.5890.910.8580.95167757280.3020.910.8582.8100
2.58-2.7490.5250.4951.54893754330.1740.5250.4954.6100
2.74-2.9390.2920.2762.74616751210.0970.2920.2767.9100
2.93-3.1690.1640.1554.74297247870.0550.1640.15513100
3.16-3.4690.0960.097.43931043910.0320.0960.0921.8100
3.46-3.878.90.0680.0649.53569540020.0220.0680.06430.8100
3.87-4.478.90.0550.052113134735380.0180.0550.05237.9100
4.47-5.488.80.050.04711.72653930300.0170.050.04741.3100
5.48-7.758.50.0530.0511.72032423830.0180.0530.0543.9100
7.75-40.42370.0370.03418.7899212820.0140.0370.03452.994.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å40.42 Å
Translation3 Å40.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZKL

2zkl


解像度: 2.45→103.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2198 / WRfactor Rwork: 0.1952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8342 / SU B: 12.193 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.1641 / SU Rfree: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 1597 4 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
all0.1926 39636 --
obs0.1926 39636 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.2 Å2 / Biso mean: 70.4644 Å2 / Biso min: 41.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→103.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2987 0 13 60 3060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9584161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4245368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.37724.934152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.95615529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2051514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.51840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38823007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25331225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6174.51154
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 118 -
Rwork0.296 2788 -
all-2906 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -55.1956 Å / Origin y: 12.3416 Å / Origin z: 9.6808 Å
111213212223313233
T0.1055 Å2-0.0291 Å2-0.0587 Å2-0.0319 Å20.0217 Å2--0.0658 Å2
L1.8013 °21.3859 °2-1.3306 °2-3.1108 °2-1.762 °2--2.5041 °2
S-0.2068 Å °0.2057 Å °0.1014 Å °-0.2614 Å °0.2257 Å °0.0407 Å °-0.0424 Å °-0.1869 Å °-0.0189 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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