PDB-3ssh: Engineered high-affinity halide-binding protein derived from YFP:...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ssh

タイトル

Engineered high-affinity halide-binding protein derived from YFP: chloride complex

要素

Green fluorescent protein

キーワード

HALIDE BINDING PROTEIN / beta barrel / luminescent protein / yellow fluorescent protein / imaging reagent

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.277 Å

データ登録者

Wang, W. / Grimley, J.S. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Determination of engineered chloride-binding site structures in fluorescent proteins reveals principles of halide recognition
著者: Wang, W. / Grimley, J.S. / Augustine, G.J. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.

履歴

登録	2011年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ssh.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ssh.ent.gz	124 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ssh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ssh_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ssh_full_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示
XML形式データ	3ssh_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3ssh_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ssh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ssh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3srySC 3ss0C 3sskC 3sslC 3sspC 3sstC 3ssvC 3ssyC 3svbC 3svcC 3svdC 3sveC 3st0 3sv5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ssk-d 3sry-d 3ssl-d 7a87-d 5dpg-d 3ss0-d 7a8m-d 7a8a-d 1vkw-d 7a7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.266, 62.405, 69.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 29305.750 Da / 分子数: 1 / 変異: S72A, K79R, Q183A, T203Y, H231L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	UNP RESIDUE SER65 UNDERWENT MUTATION TO GLY. GLY65, TYR66, AND GLY67 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE (CR2).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 17% PEG3000, 100 mM sodium acetate, 90 mM magnesium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.277→41.22 Å / Num. obs: 57869 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.216 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.28-1.3	5.8	0.482	2798	1.101	1	98
1.3-1.33	6.1	0.437	2809	1.076	1	98.3
1.33-1.35	6.1	0.407	2855	1.083	1	98.7
1.35-1.38	6.1	0.36	2799	1.096	1	98.5
1.38-1.41	6.2	0.307	2833	1.114	1	98.8
1.41-1.44	6.2	0.264	2876	1.133	1	98.9
1.44-1.48	6.2	0.229	2842	1.183	1	99.3
1.48-1.52	6.2	0.193	2858	1.215	1	99.2
1.52-1.56	6.3	0.166	2883	1.324	1	99.8
1.56-1.61	6.4	0.136	2893	1.317	1	99.9
1.61-1.67	6.5	0.118	2868	1.328	1	100
1.67-1.74	6.6	0.103	2889	1.273	1	100
1.74-1.82	8.1	0.12	2894	1.329	1	100
1.82-1.91	13.9	0.139	2918	1.379	1	100
1.91-2.03	14.2	0.11	2903	1.283	1	100
2.03-2.19	14.2	0.093	2916	1.258	1	100
2.19-2.41	14.3	0.082	2941	1.2	1	100
2.41-2.76	14.3	0.072	2954	1.152	1	100
2.76-3.47	14.1	0.059	2998	1.196	1	100
3.47-50	13.3	0.055	3142	1.113	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3SRY

3sry

解像度: 1.277→41.22 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1599	2956	5.12 %
R_work	0.1295	-	-
obs	0.1311	57785	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.3 Å² / k_sol: 0.414 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.06 Å² / B_iso mean: 19.1446 Å² / B_iso min: 7.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5314 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2683 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.2631 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.277→41.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1858	0	2	326	2186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	1961
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.736	2663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.388	733

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2773-1.2982	0.2393	109	0.1966	2331	2440	89
1.2982-1.3206	0.2393	129	0.1801	2558	2687	98
1.3206-1.3446	0.2821	142	0.1658	2554	2696	99
1.3446-1.3705	0.2032	166	0.1517	2548	2714	99
1.3705-1.3985	0.1962	123	0.1284	2568	2691	99
1.3985-1.4289	0.1627	140	0.126	2593	2733	99
1.4289-1.4621	0.1766	141	0.1219	2581	2722	99
1.4621-1.4987	0.1422	122	0.1145	2617	2739	99
1.4987-1.5392	0.1588	131	0.1096	2606	2737	100
1.5392-1.5845	0.1442	167	0.1062	2581	2748	100
1.5845-1.6357	0.1519	128	0.1006	2625	2753	100
1.6357-1.6941	0.1216	139	0.1015	2633	2772	100
1.6941-1.7619	0.151	157	0.1039	2613	2770	100
1.7619-1.8421	0.1517	158	0.1105	2594	2752	100
1.8421-1.9393	0.1275	140	0.1059	2637	2777	100
1.9393-2.0608	0.137	143	0.1089	2638	2781	100
2.0608-2.2199	0.1436	137	0.1158	2666	2803	100
2.2199-2.4432	0.1622	133	0.1237	2670	2803	100
2.4432-2.7967	0.159	128	0.1311	2694	2822	100
2.7967-3.5233	0.1615	171	0.1403	2685	2856	100
3.5233-41.241	0.1684	152	0.1557	2837	2989	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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